Transkriptomiset tekniikat

Transkriptitekniikat ovat menetelmiä , jotka on kehitetty organismin transkription (eli kaikkien RNA - transkriptien kokonaisuuden) tutkimiseen .  Transkriptomi sisältää kaikki transkriptit, jotka olivat läsnä solussa RNA:n eristyksen aikaan . Transkriptomia tutkimalla on mahdollista selvittää, mitkä soluprosessit olivat aktiivisia tietyllä ajanhetkellä.

Ensimmäiset yritykset tutkia transkriptiota tehtiin 1990-luvun alussa. Uusien teknologioiden kehittyessä 1990-luvun lopulla transkriptomiikasta tuli tärkeä biologinen tiede. Tällä hetkellä transkriptomiikassa on kaksi perusmenetelmää: mikrosirut , jotka voivat havaita tiettyjen transkriptien läsnäolon ja lukumäärän, ja RNA-sekvensointi (RNA-Seq), joka käyttää seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmiä kaikkien transkriptien sekvenssien saamiseksi. Tekniikkojen parantuessa yhden transkriptiokokeen aikana saadun tiedon määrä kasvoi. Tämän seurauksena myös data - analyysitekniikat ovat kehittyneet mahdollistamaan kasvavan datamäärän tarkan ja tehokkaan analyysin. Transkriptiotietokannat kasvavat jatkuvasti ja niistä tulee yhä hyödyllisempiä tutkijoille. Tämä johtuu siitä, että transkriptiokokeessa saadun tiedon oikea tulkinta on käytännössä mahdotonta ilman aikaisempiin tutkimuksiin luottamista.

Tiettyjen geenien ilmentymisen tason mittaaminen eri kudosten soluissa ja eri olosuhteissa tai eri ajankohtina antaa tietoa geeniekspressioon liittyvistä säätelymekanismeista. Näiden tietojen avulla voidaan määrittää aiemmin kommentoimattomien Transkriptioanalyysi paljastaa eroja tiettyjen geenien ilmentymisessä eri organismeissa, mikä voi olla erityisen hyödyllistä ihmisen sairauksien molekyyliperustan ymmärtämisessä .

Historia

Ensimmäinen yritys saada osa ihmisen transkriptomista tehtiin vuonna 1991; tämän tutkimuksen aikana ihmisen aivoista saatiin 609 mRNA - sekvenssiä [2] . Vuonna 2008 julkaistiin kaksi ihmisen transkriptomia, jotka koostuivat miljoonista sekvensseistä, jotka on johdettu 16 000 geenin transkripteistä [3] [4] . Vuoteen 2015 mennessä oli julkaistu satoja ihmisen transkriptomeja [5] [6] . Transkriptomien hankkiminen henkilöiltä, ​​joilla on tietty sairaus, eri kudokset ja jopa yksittäiset solut, on tällä hetkellä rutiinimenettely [6] [7] . Transkriptomiikan nopea kehitys oli mahdollista uusien kustannustehokkaiden teknologioiden nopean kehityksen ansiosta [8] [9] [10] [11] .

Ennen transkriptomiikkaa

Yksittäisten transkriptien tutkimuksia tehtiin useita vuosikymmeniä ennen kuin transkriptomiikan menetelmät tulivat julkisesti saataville. 1970-luvun lopulla hankittiin RNA-kirjastoja , jotka muunnettiin komplementaariseksi DNA: ksi ( cDNA ) käyttämällä käänteiskopioijaperhosen Antheraea polyphemus [12] . 1980-luvulla luotiin satunnaisia ​​transkriptiojaksoja käyttämällä alhaisen suorituskyvyn Sanger-sekvensointia ; näin ilmaantuivat niin sanotut ekspressoidut sekvenssitunnisteet ( englanniksi  ekspressoitu sekvenssi tagit, EST ) [2] [13] [14] . Sanger-sekvensointi hallitsi korkean suorituskyvyn sekvensointitekniikoiden, kuten synteesin mukaan tapahtuvan sekvensoinnin ( Solexa/Illumina ), tuloon asti. EST:tä alettiin käyttää aktiivisesti 1990-luvulla tehokkaana menetelmänä organismin geenikoostumuksen määrittämiseksi ilman koko genomin sekvensointia [14] . Yksittäisten transkriptien lukumäärä arvioitiin Northern blot -analyysillä , käänteisnorthern-blotilla ja käänteistranskription kvantitatiivisella PCR :llä (RT - qPCR) [15] [16] . Nämä menetelmät ovat kuitenkin erittäin aikaa vieviä ja kattavat vain pienen osan koko transkriptistä [11] .

Ensimmäiset yritykset

Sana transkriptio otettiin käyttöön 1990-luvulla [  17] [18] . Vuonna 1995 ilmestyi ensimmäinen sekvensointiin perustuva transkriptominen menetelmä - geeniekspression sarjaanalyysi ( englanninkielinen geeniekspression sarjaanalyysi (SAGE) ), joka koostui satunnaisten transkriptien yhdistettyjen fragmenttien Sanger-sekvensoinnista. Transkriptien määrä arvioitiin tunnettujen geenien fragmenttien kanssa osumien lukumäärän perusteella [19] . Pian ilmestyi SAGE:n variantti, jossa käytettiin Sangerin sijasta uuden sukupolven sekvensointitekniikoita - digitaalista geeniekspressioanalyysiä ( eng. digital gene expression analysis ) [8] [20] . Nämä menetelmät syrjäytettiin kuitenkin lähes kokonaan korkean suorituskyvyn koko transkription sekvensointimenetelmillä, jotka antoivat lisätietoa transkriptista, esimerkiksi tietoa silmukointivarianteista [ 8] .   

Nykyaikaisten menetelmien kehittäminen

Nykyaikaisten menetelmien vertailu [21] [22] [9]
RNA-Seq Mikrosirut
Suorituskyky 1 päivästä 1 viikkoon kokeilua kohden [9] 1–2 päivää kokeilua kohden [9]
Tarvittava määrä RNA:ta Alhainen ~ 1 ng kokonais-RNA:ta [23] Korkea ~ 1 μg RNA:ta [24]
Työvoiman intensiteetti Korkea ( näytteen valmistelu ja tietojen analysointi) [9] [21] Matala [9] [21]
Aiemmat tiedot Ei vaadita, vaikka referenssigenomi /transkriptomi yksinkertaistaa työtä [21] Koettimien luomiseen tarvitaan referenssigenomi/transkriptomi [21]
Kvantifioinnin tarkkuus ~ 90 % (rajoittaa jaksojen kattavuus ) [25] > 90 % (rajoittaa fluoresenssin havaitsemisen tarkkuus ) [25]
Jakson resoluutio Pystyy havaitsemaan yhden nukleotidin polymorfismeja ja silmukointivariantteja (rajoittaa sekvensointitarkkuus (~ 99 %)) [25] Erikoistuneet mikrosirut voivat havaita silmukointimuunnelmia (rajoituksia ovat koetus ja ristihybridisaatio) [25]
Herkkyys 1 transkriptio miljoonaa kohden (suunnilleen raja on sekvenssin kattavuus) [25] 1 transkriptio tuhatta kohden (suunnilleen, rajoittuu fluoresenssin havaitsemiseen) [25]
Dynaaminen alue 100 000 : 1 (rajoitettu sarjan kattavuuden mukaan) [26] 1000:1 (rajoittuu fluoresenssikyllästykseen) [26]
Tekninen toistettavuus > 99 % [27] [28] > 99 % [29] [30]

Vallitsevat modernit menetelmät - microarrays ja RNA-Seq - ilmestyivät 1990-luvun puolivälissä ja 2000-luvun puolivälissä [8] [31] . Julkaisuja mikrosiruista, jotka mittasivat tiettyjen transkriptien suhteellista runsautta hybridisoimalla ne mikrosiruun merkittyihin komplementaarisiin koettimiin, ilmestyivät vuonna 1995 [32] [33] . Microarray-menetelmä mahdollisti tuhansien transkriptien samanaikaisen tutkimisen ja tämän ansiosta pystyi alentamaan transkriptomin tutkimisen kustannuksia geeniä kohti ja säästämään vaivaa [34] . 2000-luvun lopulle asti täplät  oligonukleotidiryhmät ja korkeatiheyksiset Affymetrix -mikrosirut [11] [31] olivat parhaita menetelmiä transkription profilointiin . Tänä aikana luotiin monia siruja, jotka kattavat malli- ja taloudellisesti tärkeiden organismien tunnetut geenit. Mikrosiruteknologian parannukset ovat lisänneet näytteiden spesifisyyttä ja yhdellä sirulla analysoitavien geenien määrää. Uusien fluoresenssin havaitsemismenetelmien ansiosta on tullut mahdolliseksi määrittää tarkasti alhaisella tasolla syntetisoitujen jopa transkriptien läsnäolo ja määrä [33] [35] .

RNA-Seq sisältää cDNA:n sekvensoinnin, joka vastaa transkriptejä, ja yksittäisten cDNA-fragmenttien lukumäärä määräytyy vastaavien transkriptien lukumäärän perusteella. Seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmien kehitys on vaikuttanut suuresti RNA-Seqiin [8] [10] . Massively parallel signature sekvensointi (MPSS) oli transkriptominen menetelmä , joka  perustui lyhyiden 16-20 emäsparin (bp) sekvenssien muodostumiseen monimutkaisen hybridisaatiosekvenssin aikana [36] . Vuonna 2004 Arabidopsis thaliana -bakteerin 10 000 geenin ilmentymistä arvioitiin tällä menetelmällä [ 37 ] . Ensimmäinen RNA-Seq-teos julkaistiin vuonna 2006. Tämän tutkimuksen aikana 454 Life Sciences teknologiaa käyttäen määritettiin sadan tuhannen transkription [38] sekvenssi . Tuloksena saatu kattavuus riitti arvioimaan yksittäisten transkriptien suhteellisen määrän. RNA-Seqin suosio on noussut merkittävästi vuodesta 2008 lähtien, jolloin Illumina/Solexa-tekniikat mahdollistivat miljardin transkriptin sekvensoinnin [4] [9] [39] [40] . Näiden tietojen avulla on nyt mahdollista kvantifioida ja verrata eri yksilöiden transkriptomeja [4] .

Haetaan tietoja

Tietoa transkripteistä voidaan saada kahdella pohjimmiltaan eri tavalla: sekvensoimalla yksittäiset transkriptit (EST tai RNA-Seq) tai hybridisoimalla transkriptit järjestetyllä nukleotidisekvenssien sirulla (mikrosiru) [21] .

RNA:n eristäminen

Kaikille transkriptiomenetelmille on välttämätöntä eristää RNA tutkittavasta organismista. Huolimatta biologisten järjestelmien valtavasta valikoimasta, menettely RNA:n eristämiseksi on kaikissa tapauksissa suunnilleen sama. Se sisältää solujen ja kudosten tuhoamisen, RNaasien tuhoamisen kaotrooppisilla suoloilla [41] , nukleotidejä sisältävien makromolekyylien ja kompleksien tuhoamisen, RNA:n erottamisen tarpeettomista biomolekyyleistä , mukaan lukien DNA:sta, RNA:n väkevöinnin etanolisaostuksella liuoksesta ja puhdistuksesta erityisillä kolonneilla [41] [42] . Eristetty RNA voidaan myös käsitellä edelleen DNaasilla DNA-tähteiden tuhoamiseksi [43] . Yleensä mRNA-pitoisuus on välttämätön, koska 98 % eristetystä RNA:sta on rRNA :ta [44] . Konsentrointi voidaan tehdä käyttämällä menetelmiä, jotka käyttävät poly(A)-häntän läsnäoloa mRNA:ssa , tai poistamalla rRNA käyttämällä erityisiä koettimia [45] . Hajotettu RNA voi vaikuttaa kokeen tuloksiin. Jos esimerkiksi mRNA valitaan vaurioituneesta RNA:sta, valituista molekyyleistä voi puuttua 5'-päitä ja ne voivat johtaa tietojen vääristymiseen. RNA:n hajoamisen välttämiseksi näyte yleensä pikapakastetaan ennen eristämistä [42] .

Ilmaistut sekvenssimerkit

Ekspressoidut sekvenssimerkit (EST:t) ovat lyhyitä nukleotidisekvenssejä, jotka on johdettu koko transkriptista. Koska EST:itä voidaan saada ilman spesifisyyttä organismille, josta RNA eristetään, ne voidaan saada organismien seoksesta tai ympäristönäytteistä [14] . Vaikka suuritehoista sekvensointia käytetään nykyään yleisimmin, - kirjastoja käytettiin voimakkaasti varhaisten mikrosirujen kehittämisessä. Esimerkiksi ohran mikrosiru saatiin 350 000 esisekvensoidusta EST:stä [46] .

Geeniekspression sarja- ja korkkianalyysi (SAGE/CAGE)

Geeniekspression sarjaanalyysi on EST-teknologian jatkokehitys, jossa on enemmän leimojen tuotantoa. Se mahdollistaa myös transkriptien määrän kvantitatiivisen analyysin. RNA transloidaan ensin cDNA:ksi, sitten se leikataan 11 nukleotidin pituisiksi leimoiksi käyttämällä restriktioentsyymejä, jotka aiheuttavat katkoksia tiettyihin DNA-sekvensseihin. Tuloksena olevat tagit ligoidaan päästä häntään pitkiksi, yli 500 nukleotidin pituisiksi fragmenteiksi, jotka sekvensoidaan käyttämällä alhaisen suorituskyvyn mutta pitkiä lukumenetelmiä , kuten Sanger-sekvensointia Seuraavaksi sekvenssit jaetaan jälleen 11 nukleotidin osiin käyttämällä erityisiä tietokoneohjelmia (dekonvoluutio) [19] . Jos referenssigenomia ei ole saatavilla, saatuja merkkejä voidaan käyttää suoraan diagnostisina markkereina, jotka ilmenevät sairauden tapauksessa eri tavalla kuin terveessä organismissa [19] .

Cap-analyysigeenin ilmentyminen ( CAGE ) on SAGE: n  variantti, jossa vain 5'-terminaaliset mRNA-sekvenssit otetaan leimoiksi. Siksi, kun merkit on kohdistettu referenssigenomiin, geenin transkription aloituspisteet voidaan tunnistaa. Tätä menetelmää käytetään aktiivisesti promoottorien analysointiin ja täyspitkän cDNA :n kloonaukseen [48] .

SAGE ja CAGE tarjoavat tietoa suuremmasta määrästä geenejä kuin yksittäisten EST:iden sekvensointi, mutta näytteen valmistelu ja data-analyysi näissä menetelmissä ovat paljon monimutkaisempia [48] .

Mikrosirut

Periaatteet ja edut

Mikrosiru koostuu lyhyistä oligonukleotideista (koettimista), jotka on kiinnitetty ristikkosoluihin lasisubstraatilla [49] . Transkriptien runsaus määritetään perustuen fluoresoivasti leimattujen -transkriptien hybridisaatioon näiden koettimien kanssa [50] . Fluoresenssin intensiteetti kussakin solussa osoittaa tämän koettimen kanssa hybridisoituvan transkriptin runsauden [50] .

Mikrosirun luomiseksi on tarpeen tuntea ainakin osittain tutkittavan organismin genomi , esimerkiksi annotoidun sekvenssin tai EST-kirjaston muodossa; tämä on tarpeen näytteiden luomiseksi [34] .

Menetelmät

Transkriptomiikassa käytetyt mikrosirut voidaan luokitella kahteen tyyppiin: matalatiheyksiset spot-sirut ja korkeatiheyksiset lyhytkoetinsirut [34] . Pienitiheyksiset spot-sirut ovat yleensä lasipohjaa, jolle kerrostetaan pikolitroisia pisaroita, jotka sisältävät erilaisia ​​puhdistetun cDNA:n fragmentteja [51] . Nämä anturit ovat pidempiä kuin lyhyet anturisirut eivätkä pysty havaitsemaan vaihtoehtoisia silmukointitapahtumia . Spot-siruissa käytetään kahden tyyppisiä fluoroforeja , joita käytetään kokeellisten ja kontrollinäytteiden merkitsemiseen, ja suhteellinen runsaus lasketaan fluoresenssin intensiteetistä [52] . Suuritiheyksiset sirut käyttävät vain yhtä fluoresoivaa leimaa, ja jokainen näyte hybridisoidaan ja havaitaan erikseen [53] . Tiheät sirut jakeli Affymetrix GeneChip. Näissä siruissa jokainen transkripti vastaa useita 25 nukleotidin koettimia [54] . NimbleGen tuottaa suuritiheyksisiä siruja käyttämällä maskitonta litografiaa , mikä mahdollisti erirakenteisten sirujen hankkimisen. Yksi siru sisältää satoja tuhansia koettimia, joiden pituus vaihtelee välillä 45-85 nukleotidia, jotka hybridisoituvat näytteen kanssa, joka on leimattu yhdellä fluoresoivalla leimalla [55] .

RNA-Seq

Periaatteet ja edut

RNA-Seq on yhdistelmä korkean suorituskyvyn sekvensointia ja laskennallisia menetelmiä yksittäisten transkriptien runsauden arvioimiseksi RNA-uutteessa [9] . Tyypillisesti saadaan noin 100 emäsparin (bp) sekvenssejä, mutta sekvensointimenetelmästä riippuen niiden pituus voi olla 30 emäsparista alkaen. jopa 10 tuhatta p. RNA-Seq tarjoaa syvän peiton transkriptomista monilla lyhyillä fragmenteilla, minkä ansiosta alkuperäiset transkriptit voidaan rekonstruoida laskennallisilla menetelmillä, kohdistamalla lukemat referenssigenomiin tai toisiinsa ( de novo -kokoonpano ) [8] . RNA-Seq:n avulla on mahdollista laskea sekä lukuisten että pienten RNA:iden määrä, koska menetelmän dynaaminen alue on 5 suuruusluokkaa. Tämä on RNA-Seqin tärkein etu mikrosiruihin verrattuna. Lisäksi RNA-Seq vaatii hyvin vähän RNA:ta testattavaksi verrattuna mikrosiruihin – nanogrammit versus mikrogrammat. Tästä johtuen RNA-Seq yhdessä lineaarisen cDNA- monistuksen kanssa mahdollistaa hyvin pienten solurakenteiden tutkimisen yksittäisiin soluihin asti [23] [56] . Teoreettisesti RNA-Seq:ssä ja 100 bp:n lukemissa ei ole kvantifioinnin ylärajaa. taustamelu ei-toistuvilla alueilla on erittäin alhainen [9] .

RNA-Seq:n avulla voit tunnistaa geenejä genomissa tai määrittää, mitkä geenit ovat aktiivisia tietyllä hetkellä. Lukujen lukumäärän perusteella geenin ilmentymisen suhteellinen taso voidaan määrittää tarkasti. RNA-Seq-metodologiaa parannetaan jatkuvasti, mikä johtuu pääasiassa sekvensointitekniikoiden parannuksista, jotka lisäävät menetelmän suorituskykyä ja tarkkuutta sekä tuottavat pidempiä ja pidempiä lukuja [57] . Ensimmäisten julkaisujen jälkeen vuosina 2006 ja 2008 [38] [58] RNA-Seq on otettu intensiivisesti tutkimukseen ja vuoteen 2015 mennessä se on saavuttanut mikrosirut, ja siitä on tullut toiseksi hallitseva transkriptiomenetelmä [59] .

Yritykset saada yksittäisten solujen transkriptiotietoa stimuloivat RNA-Seq:n kirjastojen valmistusmenetelmien parantamista, mikä lisäsi merkittävästi tekniikan herkkyyttä. Tällä hetkellä on saatu useita yksisoluisia transkriptomeja, ja jopa RNA-Seq in situ -menetelmiä on ilmestynyt , joissa yksittäissolutranskriptomeja saatiin suoraan kiinteässä kudoksessa [60] .

Menetelmät

RNA-Seq tuli mukana useiden korkean suorituskyvyn sekvensointimenetelmien nopean kehityksen myötä [61] . Eristettyjen RNA:iden sekvensointivaihetta edeltää kuitenkin useita näytteenvalmistusvaiheita, jotka eroavat eri menetelmin. Menetelmät eroavat transkriptikonsentraation, fragmentoinnin, amplifikaation, sekvensointimenetelmän (yksipäinen tai kaksipäinen) ja sen, säilyykö alkuperäisen juosteen tiedot [61] .

RNA-Seq:n herkkyyttä tietyssä kokeessa voidaan lisätä keskittämällä kiinnostavat RNA-luokat ja poistamalla loput. mRNA:t voidaan erottaa käyttämällä oligonukleotidikoettimia, jotka sitoutuvat niiden poly(A)-häntiin. Epäinformatiiviset ja erittäin lukuisat rRNA:t voidaan poistaa käyttämällä hybridisaatiokoettimia, jotka on suunniteltu erityisesti tietyn taksonin (esimerkiksi nisäkkäiden tai kasvien) rRNA:ta varten. Tämä lähestymistapa voi kuitenkin rRNA:n ohella poistaa myös muita RNA:ita, jotka voivat vääristää kokeen kuvaa. Pienet RNA:t , kuten miRNA :t , voidaan eristää niiden koon perusteella agaroosigeelistä elektroforeesin jälkeen [62] .

Koska mRNA:t ovat yleensä pidempiä kuin yksittäiset lukemat useimmissa suuritehoisissa sekvensointitekniikoissa, transkriptit yleensä fragmentoidaan ennen sekvensointia [63] . Fragmentointimenetelmä on sekvensointikirjaston luomisen taustalla. Fragmentointi voidaan suorittaa kemiallisella hydrolyysillä , sputteroinnilla, sonikoinnilla ( sonication ) tai käänteistranskriptiolla käyttämällä terminaationukleotideja [63] . Lisäksi cDNA:n fragmentointi ja leimaus voidaan suorittaa samanaikaisesti käyttämällä transposaaseja [64] .

Näytteen valmistelun aikana sekvensointia varten transkripteja vastaavia cDNA-fragmentteja voidaan laajentaa PCR :llä lisäämään tarvittavat 3'- ja 5'-pään sovittimet sisältävien molekyylien lukumäärää [65] . Amplifikaatiovaihe vaaditaan myös ennen erittäin alhaisten RNA-näytteiden sekvensointia. Sekvensointiin sopivan RNA:n määrän alaraja on 50 pikogrammaa [66] . Kirjaston ja sekvensoinnin laadun arvioimiseksi ( GC-koostumus , fragmentin pituus, transkriptissa tietyn aseman omaavien fragmenttien suosiminen) voidaan käyttää [67] :n kontrolli- RNA-piikkejä . Unique molecular identifiers ( eng. unique molecular identifiers, UMI ) ovat lyhyitä satunnaisia ​​sekvenssejä, joita käytetään yksittäisten fragmenttien leimaamiseen kirjastoa valmistettaessa siten, että tunnisteen lisäämisen jälkeen jokainen fragmentti on ainutlaatuinen [68] . UMI:ta voidaan käyttää transkriptien runsauden mittaamiseen absoluuttisella asteikolla korjaamaan kirjaston suunnitteluvirheitä ennen monistusta ja arvioimaan tarkasti alkuperäisen näytteen DNA:n määrä. UMI:t ovat erityisen hyödyllisiä yksittäisille RNA-Seq-soluille, joissa RNA:n alkumäärä on hyvin pieni ja vaatii epäspesifistä monistusta [69] [70] [71] .  

Näytteen valmistuksen jälkeen transkriptimolekyylit (tarkemmin sanottuna niitä vastaava cDNA) voidaan sekvensoida yhteen suuntaan (yksipäällinen luku) tai molempiin suuntiin (paripäällinen lukeminen). Yksipäinen sekvensointi on yleensä nopeampaa ja halvempaa, ja useimmissa tapauksissa riittää geenin ilmentymistasojen kvantifiointiin. Paripään sekvensointi mahdollistaa tarkemmat kohdistukset ja kokoonpanot , mikä on erittäin tärkeää geenien annotaatiolle ja transkription isoformien kuvaukselle [9] . Juostospesifiset RNA-Seq-menetelmät tallentavat tietoa DNA-juosteesta, josta kukin transkripti kopioitiin. Ilman tätä tietoa lukemat voidaan kohdistaa lokusittain , mutta ei ole selvää, mihin suuntaan geeni transkriptoidaan. Yksijuosteinen RNA-Seq on kätevä määrittämään eri juosteissa sijaitsevien päällekkäisten geenien transkription suunta , mikä mahdollistaa geenien ennustamisen tarkkuuden ei-malliorganismeissa [72] .

RNA-Seqissä käytetyt sekvensointitekniikat [73] [74]
Alusta Kaupallinen julkaisu Tyypillinen lukupituus Maksimi suorituskyky juoksua kohden Yksittäinen lukutarkkuus RNA-Seq-ajot on lähetetty NCBI SRA -tietokantaan lokakuusta 2016 lähtien. RNA-Seq-ajot on tallennettu NCBI SRA:han (lokakuu 2016) [75]
454 Biotieteet 2005 700 bp 0,7 miljardia bp 99,9 % 3548
Illumina 2006 50-300 bp 900 miljardia bp 99,9 % 362903
KIINTEÄ 2008 50 s. 320 miljardia p.o. 99,9 % 7032
Ion torrent 2010 400 bp 30 miljardia bp 98 % 1953
PacBio 2011 10000 bp 2 miljardia bp 87 % 160

NCBI SRA - National Center for Biotechnology Information Sequence Read Archive USA )

Koska RNA-Seq sisältää tällä hetkellä RNA:n translaation cDNA:ksi käänteistranskriptiolla, alustat myöhempää sekvensointia varten ovat samat sekä transkriptio- että genomitiedoille. Tästä syystä RNA-Seq:n kehitystä ohjaavat suurelta osin DNA-sekvensointitekniikoiden parannukset [74] [76] [77] . Suora RNA-sekvensointi nanohuokosia käyttämällä on kuitenkin saamassa suosiota [78] [79] . Nanohuokosekvensointi voi havaita RNA:ssa modifioituja emäksiä , joita ei voitu havaita cDNA-sekvensoinnilla, eikä tämä menetelmä vaadi monistusta, mikä aiheuttaa lisävääristymiä [10] [80] .

RNA-Seq:n herkkyys ja tarkkuus määräytyy kustakin näytteestä saatujen lukumäärien perusteella [81] [82] . Transkription riittävä kattavuus vaatii paljon lukuja, mikä mahdollistaa pienenkin transkriptiomäärän havaitsemisen. Lisää monimutkaisuutta luo sekvensointivaihe, joka antaa rajoitetun pituuden, vaihtelevan tarkkuuden ja laadun lukemia. Lisäksi kunkin lajin organismeilla on erilainen määrä geenejä, joten kunkin lajin tehokkaaseen transkription kokoamiseen tarvitaan erilainen lukumäärä. Alkuvaiheessa tämä määrä määritettiin empiirisesti, mutta tekniikan kehittyessä tuli mahdolliseksi ennustaa tarvittava kattavuus laskennallisin menetelmin. Tehokkain tapa parantaa heikosti ilmentyneiden geenien differentiaalisen ilmentymisen havaitsemisen tarkkuutta ei ole lisätä lukujen määrää, vaan lisätä kopioiden määrää [83] . Tällä hetkellä Encyclopedia of DNA Elements suosittelee 70-kertaista eksomin peittoa tavanomaiselle RNA-Seq:lle ja jopa 500-kertaista kattavuutta harvinaisille transkripteille ja isoformeille [84] [85] [86] .

Tietojen analysointi

Transkriptomiikan menetelmät mahdollistavat rinnakkaiset kokeet monilla näytteillä, joten tulosten saamiseksi sekä RNA-Seq:llä että mikrosiruilla tarvitaan vakavaa tietojenkäsittelyä laskennallisilla menetelmillä [87] [88] [89] [90] . Mikrosirutiedot ovat korkearesoluutioisia kuvia , joten tietojen käsittelyyn kuuluu piirteiden havaitseminen [ en ja spektrianalyysi [91] .  Microarray-kuvat ovat kooltaan jopa 750 Mt , kun taas prosessoitu data on 60 Mt. Useat samaa transkriptiä vastaavat lyhyet koettimet voivat mahdollistaa geenin eksonintronirakenteen määrittämisen , joten lopullisen signaalin luotettavuuden määrittämiseen tarvitaan tilastollisia malleja . RNA-Seq-kokeiden aikana saadaan miljardeja lyhyitä DNA-sekvenssejä, jotka on kohdistettava vertailugenomiin , mukaan lukien miljoonia tai miljardeja emäspareja. De novo -transkriptomin kokoonpano vaatii erittäin monimutkaisten sekvenssikaavioiden rakentamista [92] . RNA-Seq-tiedonkäsittelyoperaatiot vaativat useita toistoja, joten rinnakkaislaskenta voi olla niille kätevää , mutta nykyaikaisilla algoritmeilla yksinkertaisten transkriptomiskokeiden, jotka eivät vaadi de novo -kokoonpanoa, tietojenkäsittely voidaan suorittaa jopa perinteisellä henkilökohtaisella tietokoneella [93] . Ihmisen transkripti voidaan koota melko tarkasti 300 miljoonasta 100 nukleotidin lukemasta, jotka on saatu käyttämällä RNA-Seq:a [81] [82] . Tämän datamäärän tallentaminen FASTQ -pakattuun muotoon vaatii 1,8 Gt levytilaa näytettä kohden. Kunkin geenin käsitellyt numeroarvot vievät vielä vähemmän muistia, mikä on verrattavissa mikrosirujen käsiteltyyn dataan. Sekvenssitiedot voidaan tallentaa julkisiin tietoihin, kuten SRA ( sekvenssilukuarkisto  ) [94] . RNA-Seq-tietojoukko voidaan ladata Gene Expression Omnibus -tietokantaan [95] .  

Kuvankäsittely

Microarray- kuvankäsittelyn on ylläpidettävä säännöllistä kuvasolujen ruudukkoa itsenäisesti fluoresenssin intensiteetti kussakin solussa. On myös tarpeen tunnistaa kuvaartefaktit ja jättää ne pois lopullisesta analyysistä. Fluoresenssin intensiteetti osoittaa kunkin sekvenssin läsnäolon, koska näytteen sekvenssi kussakin solussa tunnetaan [96] .

RNA-Seqin ensimmäiset vaiheet sisältävät myös samanlaisen kuvankäsittelyn, mutta kuvien muuntaminen sekvenssidataksi tapahtuu automaattisesti erikoisohjelmien avulla. Illumina-teknologiaa käyttävän synteesin sekvensoinnin tulos on joukko klustereita, jotka sijaitsevat virtauskennon pinnalla [97] . Jokaisen sekvensointiajon aikana jokainen virtaussolu kuvataan jopa neljä kertaa, ja yksi ajo sisältää kymmeniä tai satoja syklejä. Virtaussoluklusterit ovat samanlaisia ​​kuin mikrosirupisteet, ja ne on tunnistettava oikein sekvensoinnin varhaisessa vaiheessa. Pyrosekvensoinnissa ( Roche ) säteilevän valon intensiteetti vastaa homopolymeerialueella olevien identtisten nukleotidien määrää . Näistä menetelmistä on monia muunnelmia, ja jokainen sisältää eri virheprofiilien käytön tuloksena saataville tiedoille [98] .

RNA-Seq-tietojen analyysi

RNA-Seq-kokeiden aikana saadaan valtava määrä lukuja, jotka on käsiteltävä hyödyllisen tiedon saamiseksi. Tietojen analysoinnissa käytetään tyypillisesti eri bioinformatiikan ohjelmien yhdistelmiä, jotka tulee valita kokeen ja tavoitteiden mukaan. Tietojenkäsittelyprosessi voidaan jakaa neljään vaiheeseen: laadunvalvonta, kohdistus, kvantifiointi ja differentiaalinen ilmaisu [99] . Suosituimmat RNA-Seq-tietojen käsittelyohjelmat ajetaan komentoriviltä Unix- tai R / Bioconductor - ympäristössä [89] .

Laadunvalvonta

Lukemat eivät ole virheettömiä, joten on tarpeen määrittää jokaisen emäksen lukemisen tarkkuus peräkkäin. Laatukontrolloiduissa lukemissa on taatusti korkea tarkkuus jokaisesta emäksestä, niiden GC-koostumus vastaa odotettua jakautumista, ne eivät yliedusta lyhyitä motiiveja ja niissä on harvoin päällekkäisyyksiä [82] . Laatuanalyysiohjelmistoja on useita, kuten FastQC ja FaQC. Huonolaatuiset lukemat joko poistetaan tai merkitään erityisellä tavalla, mikä otetaan huomioon jatkoanalyysissä [100] [101] .

Tasaus

Lukujen yhdistämiseksi tiettyyn geeniin lukemat on kohdistettava vertailugenomiin tai toisiinsa, jos referenssigenomia ei tunneta ( de novo transkriptiokokoonpano ) [102] [103] . Tärkeimmät vaatimukset, jotka kohdistusohjelmien on täytettävä, ovat nopeus kohdistaa miljardeja lyhyitä lukuja kohtuullisessa ajassa, jonkin verran joustavuutta eukaryoottisen mRNA:n silmukoinnin havaitsemiseksi ja oikein valita lukujen sijainti, joka vastaa useita paikkoja genomissa. Ohjelmia kehitetään jatkuvasti lueteltujen vaatimusten mukaisesti, ja lukupituuden pidentäminen vähentää epäselvän kohdistuksen todennäköisyyttä. European Bioinformatics Institute (EBI) ylläpitää luetteloa tällä hetkellä saatavilla olevista työkaluista korkean suorituskyvyn sekvensointilukemien kohdistamiseksi [104] .

Primaaristen eukaryoottisten transkriptien kohdistaminen referenssigenomiin vaatii erityistä intronien käsittelyä, joita ei ole kypsissä mRNA:issa [105] . Lyhyet lukukohdistusohjelmat voivat luoda erityisiä kohdistuksia, jotka on suunniteltu erityisesti tunnistamaan liitoskohdat kanonisten liitoskohtasekvenssien perusteella. Silmukointikohtien tunnistaminen estää niiden suuntaamisen tai hylkäämisen, mikä mahdollistaa useamman lukemisen kohdistamisen referenssigenomiin ja parantaa geeniekspression kvantifioinnin laatua. Koska -geenin ilmentymistä voidaan säädellä mRNA-isoformien tasolla, silmukoinnin huomioon ottavat rinnastukset mahdollistavat muutosten havaitsemisen tiettyjen isoformien runsaudessa, mikä olisi mahdotonta tavanomaisella analyysillä [106] .

Transkriptomin de novo kokoamiseksi lukemat kohdistetaan keskenään, mikä mahdollistaa täyspitkien transkriptien rekonstruoinnin ilman referenssigenomia [107] . De novo -kokoonpanon haasteita ovat enemmän laskentatehoa kuin referenssigenomiin perustuvan kokoonpanon tarve, varianttien ja geenifragmenttien lisävalidointi ja koottujen transkriptien lisämerkintä. Ensimmäiset mittarit, jotka oli suunniteltu arvioimaan transkriptomien kokoonpanon laatua, kuten N50 , havaittiin puutteellisiksi [108] , ja nyt on saatavilla parannettuja arviointimenetelmiä. Annotaatioon perustuvat mittarit sopivat hyvin genomin kokoamisasteen arvioimiseen. De novo koottua transkriptiä voidaan käyttää referenssinä sekvenssien rinnastukseen ja geeniekspression kvantitatiiviseen analyysiin [109] [110] .

Ohjelmat de novo transkription kokoamiseen
Ohjelmoida julkaisupäivämäärä Viimeisin päivityspäivä Laskennallinen tehokkuus Hyödyt ja haitat
Velvet Oases [111] [112] 2008 2011 Matala, yksi säie suoritus , tarvitseepaljon käyttömuistia Ensimmäinen lyhyiden lukemien kerääjä. Tällä hetkellä lähes käyttämätön.
SOAPdenovo-trans [103] 2011 2014 Keskikokoinen, useita säikeitä, kohtalainen käyttömuistin tarve Yksi ensimmäisistä lyhyiden lukemien kerääjistä. Mukautettu transkriptiokokoonpanoa varten.
Trans-ABySS [113] 2010 2016 Keskikokoinen, useita säikeitä, kohtalainen käyttömuistin tarve Suunniteltu lyhyisiin lukemiin, mutta sitä voidaan käyttää myös monimutkaisiin transkriptomiin. MPI -rinnakkaisversio on saatavana klustereiden laskemiseen .
Kolminaisuus [114] [92] 2011 2017 Keskikokoinen, useita säikeitä, kohtalainen käyttömuistin tarve Suunniteltu lyhyisiin lukemiin. Voidaan käyttää monimutkaisiin transkriptomiin, mutta vaatii paljon muistia.
miraest [115] 1999 2016 Keskikokoinen, useita säikeitä, kohtalainen käyttömuistin tarve Pystyy käsittelemään toistuvia sekvenssejä, yhdistää useita sekvensointitietomuotoja ja on yhteensopiva useiden sekvensointialustojen kanssa.
Newbler [116] 2004 2012 Matala, yksi suoritussäie, vaatii paljon käyttömuistia Erikoistunut homopolymeerisekvensseihin liittyvien Roche 454 -sekvensserivirheiden vianetsintään.
CLC-genomiikan työpöytä [117] 2008 2014 Korkea, useita säikeitä, pieni käyttömuistin tarve Siinä on graafinen käyttöliittymä ja se voi yhdistää erilaisia ​​sekvensointitekniikoita. Ei erikoistunut transkriptomiin, lisenssi vaaditaan ennen käyttöä.
SPAdes [118] 2012 2017 Korkea, useita säikeitä, pieni käyttömuistin tarve Suunniteltu transkriptomisiin kokeisiin yksittäisillä soluilla.
RSEM [119] 2011 2017 Korkea, useita säikeitä, pieni käyttömuistin tarve Osaa arvioida vaihtoehtoisesti silmukoitujen transkriptien tiheyden. Kätevä käyttää.
Solmio [93] 2015 2018 Korkea, useita säikeitä, pieni käyttömuistin tarve Osaa käyttää referenssigenomiin ja de novo -pohjaisten kokoonpanomenetelmien yhdistelmää transkriptien tunnistamiseen.
Kvantitatiivinen analyysi

Lukemat rinnastukset voidaan kvantifioida geeni-, eksoni- ja transkriptitasoilla. Tyypillinen analyysin tulos on lukujen lukumäärä jokaiselle analyysin elementille (geeni, eksoni tai transkripti). Esimerkiksi geeneille se myönnetään yleisessä ominaisuusmuodossa (GFF) . Geenien ja eksonien lukumäärät voidaan määrittää erilaisilla ohjelmilla, esimerkiksi HTSeq [121] . Transkriptiotason analyysi on monimutkaisempi ja vaatii probabilististen menetelmien käyttöä transkriptien runsauden arvioimiseksi lyhyiden lukujen perusteella; esimerkiksi ohjelman kalvosinnapit [106] voivat tehdä tämän . Lukemat, jotka sopivat yhtä hyvin genomin eri paikkoihin, on tunnistettava ja poistettava tai kohdistettava johonkin mahdollisesta tai todennäköisimmästä sijainnista. Jotkut pisteytysmenetelmät eivät kohdista lukemia referenssigenomiin ollenkaan. Esimerkiksi kallisto-ohjelman käyttämässä menetelmässä pseudokohdistus ja kvantifiointi yhdistetään yhdeksi vaiheeksi, joka on kaksi suuruusluokkaa nopeampi kuin tophat- ja kalvosinnapit-ohjelmien menetelmät ja vaatii vähemmän laskentaa [122] .

Differentiaalinen lauseke

Kun jokaisesta transkriptista saadaan kvantitatiivisia tietoja, differentiaalinen geeniekspressio analysoidaan käyttämällä niiden tilastollista analyysiä , mallintamista ja normalisointia [102] . Useimmat sitä analysoivat ohjelmat ottavat syötteenä taulukon geenien nimistä ja kunkin niistä transkriptien lukumäärästä, mutta jotkin ohjelmat, esimerkiksi cuffdiff, saavat lukukohdistuksen BAM-muodossa ( englanninkielisestä  binaarikohdistuskartasta ). syötteenä  — parikohtaisten kohdistusten kartta). Ohjelman tulosteena julkaistaan ​​luettelo geeneistä, jotka sisältävät parillisten tilastollisten testien tulokset , jotka tarkistavat kokeellisen ja kontrollitietojen välisten ilmentymiserojen merkityksen [123] .

Ohjelmat differentiaalisen geeniekspression analysointiin RNA-Seq-kokeissa
Ohjelmoida keskiviikko Erikoistuminen
Cuffdiff2 [102] Unix-pohjainen Transkriptianalyysi, jonka tarkoituksena oli havaita vaihtoehtoiset mRNA:n silmukointitapahtumat
EdgeR [88] R/Bioconductor Kaikki kvantitatiiviset genomitiedot
DEseq2 [124] R/Bioconductor Erityyppisiä tietoja
Limma/Voom [87] R/Bioconductor Microarray- tai RNA-Seq-data, joustava koesuunnittelu
Ballgown [125] R/Bioconductor Tehokas ja herkkä transkription haku

Vahvistus

Transkriptomianalyysin tulokset voidaan vahvistaa muilla menetelmillä, kuten kvantitatiivisella PCR:llä (qPCR) [126] . Geenin ilmentyminen mitataan suhteessa tutkittavan geenin ja kontrolligeenien standardiekspressioon. Mittausperiaate qPCR:ssä on sama kuin RNA-Seq:ssä, eli tietyn geenin arvo lasketaan koenäytteen kohdealueen pitoisuuden perusteella. qPCR soveltuu kuitenkin vain amplikoneille , joissa on alle 300 bp. ja sijaitsee lähellä koodausalueen 3'-päätä [127] . Jos on tarpeen validoida transkription isoformitiedot, RNA-Seq-lukukohdistusten huolellinen analyysi voi määrittää, mitkä alueet qPCR- alukkeilla tulisi sovittaa yhteen, jotta erot olisivat selkeimpiä [128] . Kontrolligeenien ilmentymisen mittaaminen yhdessä tutkittujen geenien kanssa antaa vakaata vertailutietoa. RNA-Seq-tietojen validointi kontrolli-PCR:llä osoitti, että RNA-Seq:n eri variantit antavat yleensä samanlaisia ​​tietoja [58] [129] [130] .

Transkriptomisen datan analysoinnissa tieto tutkittujen geenien toiminnoista on erittäin tärkeää. Havaitut geenin ilmentymismallit voidaan liittää tiettyyn fenotyyppiin käyttämällä geenien knockdown- ja synteettisiä pelastuskokeita [131] .

Sovellus

Sairauksien diagnosointi ja profilointi

Transkriptioteknologiat ovat löytäneet käyttöä biolääketieteen eri aloilla , erityisesti sairauksien diagnosoinnissa ja profiloinnissa [9] . RNA-Seq:n avulla tuli mahdolliseksi havaita transkription aloituskohdat, vaihtoehtoisten promoottorien käyttö ja uusia vaihtoehtoisen silmukoinnin variantteja. Koska genomilla säätelyelementeillä on tärkeä rooli monien sairauksien patogeneesissä , niiden varianttien tunnistaminen on erittäin tärkeää genominlaajuisen assosiaatiohakudatan tulkinnassa [132] . RNA-Seq voi havaita yksittäisiin nukleotideihin liittyviä polymorfismeja, jotka liittyvät sairauksiin, alleelispesifisen ilmentymisen tapauksia, geenifuusiota , mikä voi valaista taudin kehittymisen geneettistä perustaa [133] .

RNA-Seq voi tarjota tietoa endogeenisten retrotransposonien transkriptiosta , mikä voi vaikuttaa viereisten geenien transkriptioon useiden epigeneettisten mekanismien kautta, mikä voi johtaa sairauksien kehittymiseen [134] . Tärkeä RNA-Seqin mahdollinen sovellus on immuunijärjestelmän häiriöiden molekyyliperustan tutkiminen , koska tämä menetelmä mahdollistaa erityyppisten immuunisolupopulaatioiden erottamisen ja potilaiden T- ja B-solureseptorivalikoiman sekvensoinnin [135] . [136] .

Ihmisten ja heidän patogeenien transkriptomeja

RNA-Seq voi havaita muutoksia geenien ilmentymisessä ihmisen patogeeneissä , mikä voi auttaa tunnistamaan uusia virulenssitekijöitä , ennustamaan antibioottiresistenssiä ja ymmärtämään yksityiskohtia patogeenien vuorovaikutuksista isännän immuunijärjestelmän kanssa [137] [138] . RNA-Seqiä voidaan käyttää optimoitujen infektioiden torjuntakeinojen sekä kohdistettujen yksilöllisten hoitostrategioiden kehittämiseen [136] .

Transkriptominen analyysi voidaan suorittaa sekä isännälle että patogeenille. Dual RNA-Seq:n avulla sekä isännän että patogeenin geeniekspressioprofiilit voidaan profiloida samanaikaisesti koko infektioprosessin ajan . Tämä lähestymistapa mahdollistaa dynaamisen immuunivasteen ja lajienvälisten geenien säätelyverkostojen tutkimisen sekä vuorovaikutuksessa olevien organismien osalta ensimmäisestä kosketuksesta invaasioon että taudinaiheuttajan lopulliseen säilymiseen tai sen tuhoamiseen isännän immuunijärjestelmän toimesta [139 [ 139] [ 140] .

Reaktiot ympäristöolosuhteisiin

Transkriptomiikka mahdollistaa geenien ja aineenvaihduntareittien tunnistamisen, jotka ovat vastuussa bioottisiin ja abioottisiin ympäristötekijöihin liittyvistä stressireaktioista ja vastustuskyvystä [ 141] [131] . Epäspesifisten transkriptomiikan menetelmien ansiosta sitä voidaan käyttää uusien geeniverkkojen löytämiseen jopa monimutkaisissa järjestelmissä. Esimerkiksi useiden kikhernelinjojen vertaileva analyysi eri kehitysvaiheissa on mahdollistanut kuivuuden ja korkean suolaisuuden aiheuttamiin rasituksiin liittyvien transkriptioprofiilien tunnistamisen; erityisesti transkriptioisoformien AP2 - EREBP [141] rooli näytettiin . Geeniekspression tutkimus patogeenisen hiivan Candida albicansin biofilmien muodostumisen aikana paljasti joukon yhteissäädeltyjä geenejä, jotka ovat kriittisiä biofilmin muodostumiselle ja ylläpidolle [142] .

Transkriptioprofiili antaa arvokasta tietoa lääkeresistenssin mekanismeista . Malariaplasmodium Plasmodium falciparumin [143] yli tuhannen isolaatin analyysi osoitti, että Kaakkois-Aasiasta peräisin olevien isolaattien artemisiniiniresistenssi liittyy lisääntyneeseen vasteeseen väärin laskostuneisiin proteiineihin hitaampaan läpikulkuun. elinkaaren erytrosyyttien sisäinen vaihe [144] .

Geenitoimintojen huomautus

Yksi transkriptiotekniikoiden sovelluksista on määrittää geenien toiminnot sekä tietystä fenotyypistä vastuussa olevat alleelit. metalleja hyperakkumuloivien Arabidopsis - ekotyyppien transkriptomiikka on osoittanut yhteyden tähän metallien tunkeutumisesta, toleranssista ja homeostaasista vastaavien geenien fenotyyppiin [145] . Eri kudosten RNA-Seq-tietojen yhdistäminen on parantanut kaupallisesti tärkeiden organismien, kuten kurkun [146] tai uhanalaisten lajien, kuten koala [147] , geenitoimintojen annotaatiota .

RNA-Seq-lukemien kokoonpano on riippumaton referenssigenomista [114] , joten tämä menetelmä on ihanteellinen tutkimaan geenien ilmentymistä ei-malliorganismeissa, joista ei ole vielä olemassa valmiita genomitietoja. Esimerkiksi tietokanta yhden nukleotidin polymorfismista, jota käytettiin Menziesin pseudohemlockin jalostusohjelmissa, luotiin de novo -transkriptomalla analyysillä sekvensoidun genomin puuttuessa [148] . Samoin hummerisydämen , lihasten ja hermokudoksen kehitykseen osallistuvia geenejä on tunnistettu vertaamalla eri kudosten transkriptomeja ilman genomin sekvensointia. RNA-Seq:ää voidaan käyttää myös aiemmin tuntemattomien proteiinia koodaavien alueiden havaitsemiseen jo sekvensoiduista genomeista [149] .

Koodaamattomat RNA:t

Tyypillisesti transkriptomiikka ottaa huomioon vain solun mRNA:n. Samoja menetelmiä voidaan kuitenkin soveltaa ei-koodaaviin RNA:ihin , jotka osallistuvat translaatioon , genomisen DNA:n replikaatioon , silmukointiin ja transkription säätelyyn [150] [151] [152] [153] . Monet näistä ei-koodaavista tRNA:ista liittyvät sairauksien kehittymiseen, mukaan lukien syöpä , sydän- ja verisuonitaudit ja hermoston sairaudet [154] .

Transkriptiotietokannat

Transkriptomeja tutkittaessa syntyy valtavia määriä dataa, jota voidaan mahdollisesti käyttää muissa projekteissa. Siksi raaka- tai käsitelty data sijoitetaan julkisiin tietokantoihin, jotta ne ovat koko tiedeyhteisön saatavilla. Esimerkiksi vuodesta 2018 lähtien Gene Expression Omnibus -tietokanta sisältää tietoja miljoonista kokeista [155] .

Transkriptiotietokannat
Nimi Omistaja Data Kuvaus
Gene Expression Omnibus [95] NCBI Mikrosirut, RNA-Seq Ensimmäinen eri lähteistä saatujen transkriptomien tietokanta. Ensimmäinen esitteli standardit MIAME ja MINSEQE, jotka säätelevät kokeeseen tarvittavia metatietoja , jotta niitä voidaan tulkita ja toistaa hyvin [156] [157] .
ArrayExpress [158] ENA Mikrosirut Tuo tietojoukot Gene Expression Omnibusista ja noudattaa sitä. Käsitellyt tiedot ja kokeilun metatiedot tallennetaan ArrayExpressiin, kun taas raakalukemat tallennetaan ENA:han. Täyttää MIAME- ja MINSEQE [156] [157] -standardit .
Expression Atlas [159] EBI Mikrosirut, RNA-Seq Sisältää tietoa kudosspesifisestä geeniekspressiosta eläimissä ja kasveissa. Sisältää sekundäärisen analyysin tiedot ja niiden visualisoinnin, käyttää geeniontologian termejä , InterPro- alueita ja aineenvaihduntareittejä Tarjoaa linkkejä proteiinien runsaustietoihin, jos niitä on saatavilla.
Genevestigator [160] Yksityinen kuratointi Mikrosirut, RNA-Seq Tarjoaa viiteselityksiä julkisesti saatavilla oleville transkriptoimistiedoille, jotka liittyvät pääasiassa lääketieteeseen ja kasvibiologiaan. Yksittäisten kokeiden tiedot normalisoidaan, jotta mahdollistetaan geeniekspression vertailu kokeiden välillä. Täyden pääsyn saamiseksi sinun on ostettava lisenssi, vain osa tietokannasta on saatavilla ilmaiseksi.
Viite [161] DDBJ Kaikki Transkriptomit, jotka on johdettu 40 erilaisesta ihmisen, hiiren ja rotan elimestä . Geeniekspressiotiedot visualisoidaan lämpökartana , joka on asetettu anatomisen rakenteen 3D -malliin.
NONCODE [162] noncode.org RNA-Seq Ei-koodaavat RNA:t (paitsi tRNA ja rRNA)

Muistiinpanot

  1. ↑ Medline-trendi: automaattiset vuosittaiset tilastot PubMed-tuloksista mille tahansa kyselylle . www.dan.corlan.net . Haettu: 5.10.2016.
  2. ↑ 1 2 Sutcliffe JG , Milner RJ , Bloom FE , Lerner RA Yleinen 82 nukleotidin sekvenssi, joka on ainutlaatuinen aivojen RNA:lle.  (englanniksi)  // Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut. - 1982. - elokuu ( osa 79 , nro 16 ). - P. 4942-4946 . — PMID 6956902 .
  3. ↑ Pan Qun, Shai O., Lee L. J., Frey B. J., Blencowe B. J.  Deep Surveying of Alternative Splicing Complexity in the Human Transcriptome by High-Throughput Sequencing  // Nature Genetics. - 2008. - Voi. 40, ei. 12. - P. 1413-1415. - doi : 10.1038/ng.259 . — PMID 18978789 .
  4. ↑ 1 2 3 Sultan M. , Schulz MH , Richard H. , Magen A. , Klingenhoff A. , Scherf M. , Seifert M. , Borodina T. , Soldatov A. , Parkhomchuk D. , Schmidt D. , O'Keeffe S. , Haas S. , Vingron M. , Lehrach H. , Yaspo ML Globaali näkemys geeniaktiivisuudesta ja vaihtoehtoisesta silmukoitumisesta ihmisen transkription syväsekvensoinnilla.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2008. - 15. elokuuta ( nide 321 , nro 5891 ). - s. 956-960 . - doi : 10.1126/tiede.1160342 . — PMID 18599741 .
  5. ↑ Lappalainen T. , Sammeth M. , Friedländer MR , 't Hoen PA , Monlong J. , Rivas MA , Gonzàlez-Porta M. , Kurbatova N. , Griebel T. , Ferreira PG , Barann ​​​​M. , Wieland T. , Greger L. , van Iterson M. , Almlöf J. , Ribeca P. , Pulyakhina I. , Esser D. , Giger T. , Tikhonov A. , Sultan M. , Bertier G. , MacArthur DG , Lek M. , Lizano E. , Buermans HP , Padioleau I. , Schwarzmayr T. , Karlberg O. , Ongen H. , Kilpinen H. , Beltran S. , Gut M. , Kahlem K. , Amstislavskiy V. , Stegle O. , Pirinen M. , Montgomery SB , Donnelly P. , McCarthy MI , Flicek P. , Strom TM , Lehrach H. , Schreiber S. , Sudbrak R. , Carracedo A. , Antonarakis SE , Häsler R. , Syvänen AC , van Ommen GJ , Brazma , Meitinger T. , Rosenstiel P. , Guigó R. , Gut IG , Estivill X. , Dermitzakis ET Transkriptomin ja genomin sekvensointi paljastaa toiminnallisia variaatioita ihmisillä.  (englanniksi)  // Luonto. - 2013. - 26. syyskuuta ( nide 501 , nro 7468 ). - s. 506-511 . - doi : 10.1038/luonto12531 . — PMID 24037378 .
  6. ↑ 1 2 Melé M. , Ferreira PG , Reverter F. , DeLuca DS , Monlong J. , Sammeth M. , Young TR , Goldmann JM , Pervouchine DD , Sullivan TJ , Johnson R. , Segrè AV , Djebali S. . , GTEx-konsortio. , Wright FA , Lappalainen T. , Calvo M. , Getz G. , Dermitzakis ET , Ardlie KG , Guigó R. Human genomics. Ihmisen transkriptio kudosten ja yksilöiden välillä.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2015. - 8. toukokuuta ( nide 348 , nro 6235 ). - s. 660-665 . - doi : 10.1126/science.aaa0355 . — PMID 25954002 .
  7. ↑ Kolodziejczyk AA , Kim JK , Svensson V. , Marioni JC , Teichmann SA Yksisoluisen RNA-sekvensoinnin tekniikka ja biologia.  (englanniksi)  // Molecular Cell. - 2015. - 21. toukokuuta ( nide 58 , nro 4 ). - s. 610-620 . - doi : 10.1016/j.molcel.2015.04.005 . — PMID 26000846 .
  8. ↑ 1 2 3 4 5 6 McGettigan PA -transkriptomiikka RNA-seq-aikakaudella.  (englanniksi)  // Current Opinion in Chemical Biology. - 2013. - Helmikuu ( osa 17 , nro 1 ). - s. 4-11 . - doi : 10.1016/j.cbpa.2012.12.008 . — PMID 23290152 .
  9. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Wang Z. , Gerstein M. , Snyder M. RNA-Seq: vallankumouksellinen työkalu transkriptomiikkaan.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2009. - tammikuu ( osa 10 , nro 1 ) - s. 57-63 . - doi : 10.1038/nrg2484 . — PMID 19015660 .
  10. ↑ 1 2 3 Ozsolak F. , Milos PM RNA -sekvensointi: edistysaskeleita, haasteita ja mahdollisuuksia.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2011. - Helmikuu ( osa 12 , nro 2 ) - s. 87-98 . - doi : 10.1038/nrg2934 . — PMID 21191423 .
  11. ↑ 1 2 3 Morozova O. , Hirst M. , Marra MA Uusien sekvensointitekniikoiden sovellukset transkriptioanalyysiin.  (Englanti)  // Genomiikan ja ihmisgenetiikan vuosikatsaus. - 2009. - Vol. 10 . - s. 135-151 . - doi : 10.1146/annurev-genom-082908-145957 . — PMID 19715439 .
  12. ↑ Sim GK , Kafatos FC , Jones CW , Koehler MD , Efstratiadis A. , Maniatis T. cDNA-kirjaston käyttö chorion-monigeeniperheiden evoluution ja kehityksellisen ilmentymisen tutkimuksiin.  (englanniksi)  // Solu. - 1979. - joulukuu ( osa 18 , nro 4 ) . - s. 1303-1316 . — PMID 519770 .
  13. ↑ Putney SD , Herlihy WC , Schimmel P. Uusi troponiini T- ja cDNA-klooni 13 eri lihasproteiinille, löydetty haulikkosekvensoinnilla.  (englanniksi)  // Luonto. - 1983. - 21. huhtikuuta ( nide 302 , nro 5910 ). - s. 718-721 . — PMID 6687628 .
  14. ↑ 1 2 3 Marra MA , Hillier L. , Waterston RH . Ilmoitetut sekvenssitunnisteet - ESTablishing bridges between genomes.  (englanniksi)  // Trends In Genetics : TIG. - 1998. - tammikuu ( osa 14 , nro 1 ) . - s. 4-7 . - doi : 10.1016/S0168-9525(97)01355-3 . — PMID 9448457 .
  15. ↑ Alwine JC , Kemp DJ , Stark GR Menetelmä spesifisten RNA:iden havaitsemiseksi agaroosigeeleissä siirtämällä diatsobentsyylioksimetyylipaperille ja hybridisoimalla DNA-koettimien kanssa.  (englanniksi)  // Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut. - 1977. - joulukuu ( osa 74 , nro 12 ). - P. 5350-5354 . — PMID 414220 .
  16. ↑ Becker-André M. , Hahlbrock K. Absoluuttinen mRNA:n kvantifiointi käyttämällä polymeraasiketjureaktiota (PCR). Uusi lähestymistapa PCR-avusteisella transkriptititrausmäärityksellä (PATTY).  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 1989. - 25. marraskuuta ( osa 17 , nro 22 ). - P. 9437-9446 . — PMID 2479917 .
  17. ↑ Piétu G. , Mariage-Samson R. , Fayein NA , Matingou C. , Eveno E. , Houlgatte R. , Decraene C. , Vandenbrouck Y. , Tahi F. , Devignes MD , Wirkner U. , Ansorge W. , Cox D. , Nagase T. , Nomura N. , Auffray C. Ihmisaivojen transkription Genexpress IMAGE -tietokanta: prototyyppi-integroitu resurssi toiminnalliseen laskennalliseen ja genomiikkaan.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 1999. - Helmikuu ( osa 9 , nro 2 ) . - s. 195-209 . — PMID 10022985 .
  18. ↑ Velculescu V.E. , Zhang L. , Zhou W. , Vogelstein J. , Basrai M.A. , Bassett Jr. DE , Hieter P. , Vogelstein B. , Kinzler KW . Hiivan transkription karakterisointi.  (englanniksi)  // Solu. - 1997. - 24. tammikuuta ( nide 88 , nro 2 ). - s. 243-251 . — PMID 9008165 .
  19. ↑ 1 2 3 Velculescu VE , Zhang L. , Vogelstein B. , Kinzler KW Geeniekspression sarjaanalyysi .  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 1995. - 20. lokakuuta ( nide 270 , nro 5235 ). - s. 484-487 . — PMID 7570003 .
  20. ↑ Audic S. , Claverie JM Digitaalisten geeniekspressioprofiilien merkitys.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 1997. - lokakuu ( osa 7 , nro 10 ). - s. 986-995 . — PMID 9331369 .
  21. ↑ 1 2 3 4 5 6 Mantione KJ , Kream RM , Kuzelova H. , Ptacek R. , Raboch J. , Samuel JM , Stefano GB Bioinformaattisten geeniekspressioprofilointimenetelmien vertailu: microarray ja RNA-Seq.  (englanti)  // Medical Science Monitor Basic Research. - 2014. - 23. elokuuta ( osa 20 ). - s. 138-142 . — PMID 25149683 .
  22. ↑ Zhao S. , Fung-Leung WP , Bittner A. , ​​Ngo K. , Liu X. RNA-Seq:n ja microarray-vertailu aktivoitujen T-solujen transkriptioprofiloinnissa.  (englanniksi)  // PloS One. - 2014. - Vol. 9 , ei. 1 . - P. e78644-78644 . - doi : 10.1371/journal.pone.0078644 . — PMID 24454679 .
  23. ↑ 1 2 Hashimshony T. , Wagner F. , Sher N. , Yanai I. CEL-Seq: yksisoluinen RNA-Seq multipleksoidulla lineaarisella amplifikaatiolla.  (englanniksi)  // Soluraportit. - 2012. - 27. syyskuuta ( osa 2 , nro 3 ) - s. 666-673 . - doi : 10.1016/j.celrep.2012.08.003 . — PMID 22939981 .
  24. ↑ Stears RL , Getts RC , Gullans SR Uusi, herkkä tunnistusjärjestelmä suuritiheyksisille mikrosiruille käyttämällä dendrimeeritekniikkaa.  (englanniksi)  // Fysiologinen genomiikka. - 2000. - 9. elokuuta ( osa 3 , nro 2 ) . - s. 93-99 . - doi : 10.1152/physiolgenomics.2000.3.2.93 . — PMID 11015604 .
  25. ↑ 1 2 3 4 5 6 Illumina RNA-Seq -tietojen vertailu geeniekspressiomikrosirujen kanssa . European Pharmaceutical Review.
  26. ↑ 1 2 Black MB , Parks BB , Pluta L. , Chu TM , Allen BC , Wolfinger RD , Thomas RS . Mikrosirujen ja RNA-seq:n vertailu annos-vaste-kokeiden geeniekspressioanalyyseihin.  (englanniksi)  // Toxicological Sciences : Toxicology Societyn virallinen lehti. - 2014. - Helmikuu ( osa 137 , nro 2 ). - s. 385-403 . doi : 10.1093 / toxsci/kft249 . — PMID 24194394 .
  27. ↑ Marioni JC , Mason CE , Mane SM , Stephens M. , Gilad Y. RNA-seq: arvio teknisestä toistettavuudesta ja vertailu geenin ilmentämismatriiseihin.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2008. - syyskuu ( osa 18 , nro 9 ). - s. 1509-1517 . - doi : 10.1101/gr.079558.108 . — PMID 18550803 .
  28. ↑ SEQC/MAQC-III-konsortio. Sequencing Quality Control Consortiumin kattava arvio RNA-seq-tarkkuudesta, toistettavuudesta ja tietosisällöstä.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2014. - syyskuu ( osa 32 , nro 9 ). - s. 903-914 . - doi : 10.1038/nbt.2957 . — PMID 25150838 .
  29. ↑ Chen JJ , Hsueh HM , Delongchamp RR , Lin CJ , Tsai CA Microarray-tietojen uusittavuus: microarray-laadunvalvontatietojen (MAQC) lisäanalyysi.  (englanti)  // BMC Bioinformatics. - 2007. - 25. lokakuuta ( osa 8 ). - s. 412-412 . - doi : 10.1186/1471-2105-8-412 . — PMID 17961233 .
  30. ↑ Larkin JE , Frank BC , Gavras H. , Sultana R. , Quackenbush J. Riippumattomuus ja toistettavuus mikrosirualustojen välillä.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2005. - toukokuu ( osa 2 , nro 5 ). - s. 337-344 . - doi : 10.1038/nmeth757 . — PMID 15846360 .
  31. ↑ 1 2 Nelson NJ Microarrays ovat saapuneet: geeniekspressiotyökalu kypsyy.  (englanniksi)  // National Cancer Instituten lehti. - 2001. - 4. huhtikuuta ( nide 93 , nro 7 ). - s. 492-494 . — PMID 11287436 .
  32. ↑ Schena M. , Shalon D. , Davis RW , Brown P.O. Geeniekspressiomallien kvantitatiivinen seuranta komplementaarisella DNA-mikrosirulla.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 1995. - Voi. 270, nro. 5235 . - s. 467-470. — PMID 7569999 .
  33. ↑ 1 2 Pozhitkov AE , Tautz D. , Noble PA Oligonukleotidimikrosirut: laajalti käytetty – huonosti ymmärretty.  (englanniksi)  // Briefings In Functional Genomics & Proteomics. - 2007. - Kesäkuu ( osa 6 , nro 2 ) - s. 141-148 . - doi : 10.1093/bfgp/elm014 . — PMID 17644526 .
  34. ↑ 1 2 3 Heller MJ DNA -mikrosirutekniikka: laitteet, järjestelmät ja sovellukset.  (englanniksi)  // Annual Review Of Biomedical Engineering. - 2002. - Voi. 4 . - s. 129-153 . - doi : 10.1146/annurev.bioeng.4.020702.153438 . — PMID 12117754 .
  35. ↑ McLachlan, Geoffrey J.; Tee, Kim Anh; Ambroise, Christopher. Microarray-geenin ilmentymistietojen  analysointi . - Hoboken: John Wiley & Sons , 2005. - ISBN 978-0-471-72612-8 .
  36. ↑ Brenner S. , Johnson M. , Bridgham J. , Golda G. , Lloyd DH , Johnson D. , Luo S. , McCurdy S. , Foy M. , Ewan M. , Roth R. , George D. , Eletr S. . , Albrecht G. , Vermaas E. , Williams SR , Moon K. , Burcham T. , Pallas M. , DuBridge RB , Kirchner J. , Fearon K. , Mao J. , Corcoran K. Geeniekspressioanalyysi massiivisesti rinnakkaisella allekirjoituksella sekvensointi (MPSS) mikrohelmiryhmissä.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2000. - Kesäkuu ( osa 18 , nro 6 ). - s. 630-634 . - doi : 10.1038/76469 . — PMID 10835600 .
  37. ↑ Meyers BC , Vu TH , Tej SS , Ghazal H. , Matvienko M. , Agrawal V. , Ning J. , Haudenschild CD Arabidopsis thalianan transkription monimutkaisuuden analyysi massiivisesti rinnakkaisella allekirjoitussekvensoinnilla.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2004. - elokuu ( osa 22 , nro 8 ) - s. 1006-1011 . - doi : 10.1038/nbt992 . — PMID 15247925 .
  38. ↑ 1 2 Bainbridge MN , Warren RL , Hirst M. , Romanuik T. , Zeng T. , Go A. , Delaney A. , Griffith M. , Hickenbotham M. , Magrini V. , Mardis ER , Sadar MD , Siddiqui AS , Marra MA , Jones SJ Eturauhassyöpäsolulinjan LNCaP-transkriptomin analyysi käyttämällä sekvensointi-synteesilähestymistapaa.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2006. - 29. syyskuuta ( osa 7 ). - s. 246-246 . - doi : 10.1186/1471-2164-7-246 . — PMID 17010196 .
  39. ↑ Mortazavi A. , Williams BA , McCue K. , Schaeffer L. , Wold B. Nisäkkään transkriptomien kartoitus ja kvantifiointi RNA-Seq.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2008. - Heinäkuu ( osa 5 , nro 7 ). - s. 621-628 . - doi : 10.1038/nmeth.1226 . — PMID 18516045 .
  40. ↑ Wilhelm BT , Marguerat S. , Watt S. , Schubert F. , Wood V. , Goodhead I. , Penkett CJ , Rogers J. , Bähler J. Dynamic repertuaari eukaryotic transkriptomista tutkittu yhden nukleotidin resoluutiolla.  (englanniksi)  // Luonto. - 2008. - 26. kesäkuuta ( nide 453 , nro 7199 ). - s. 1239-1243 . - doi : 10.1038/luonto07002 . — PMID 18488015 .
  41. ↑ 1 2 Chomczynski P. , Sacchi N. Yksivaiheinen menetelmä RNA:n eristämiseksi happamalla guanidiniumtiosyanaatti-fenoli-kloroformiuutolla.  (englanniksi)  // Analyyttinen biokemia. - 1987. - huhtikuu ( osa 162 , nro 1 ) . - s. 156-159 . - doi : 10.1006/abio.1987.9999 . — PMID 2440339 .
  42. ↑ 1 2 Chomczynski P. , Sacchi N. Yksivaiheinen menetelmä RNA:n eristämiseksi happamalla guanidiniumtiosyanaatti-fenoli-kloroformiuutolla: 20 vuoden kuluttua.  (englanniksi)  // Nature Protocols. - 2006. - Voi. 1 , ei. 2 . - s. 581-585 . - doi : 10.1038/nprot.2006.83 . — PMID 17406285 .
  43. ↑ Grillo M. , Margolis FL Käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktion käyttö intronittomien geenien ilmentymisen seuraamiseen.  (englanniksi)  // Biotekniikka. - 1990. - syyskuu ( osa 9 , nro 3 ) . - s. 262-264 . — PMID 1699561 .
  44. ↑ Bryant S. , Manning D. L. Lähetti-RNA:n eristäminen.  (Englanti)  // Methods In Molecular Biology (Clifton, NJ). - 1998. - Voi. 86 . - s. 61-64 . - doi : 10.1385/0-89603-494-1:61 . — PMID 9664454 .
  45. ↑ Zhao W. , He X. , Hoadley KA , Parker JS , Hayes DN , Perou CM RNA-Seq:n vertailu poly(A)-sieppauksen, ribosomaalisen RNA-depletion ja DNA-mikrosirun avulla ilmentymisen profilointia varten.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2014. - 2. kesäkuuta ( nide 15 ). - s. 419-419 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-419 . — PMID 24888378 .
  46. ↑ Sulje TJ , Wanamaker SI , Caldo RA , Turner SM , Ashlock DA , Dickerson JA , Wing RA , Muehlbauer GJ , Kleinhofs A. , Wise RP Uusi resurssi viljan genomiikkaan: 22K ohra GeneChip tulee täysi-ikäiseksi.  (englanti)  // Kasvien fysiologia. - 2004. - Maaliskuu ( osa 134 , nro 3 ) . - s. 960-968 . - doi : 10.1104/pp.103.034462 . — PMID 15020760 .
  47. ↑ 1 2 3 4 5 Lowe R. , Shirley N. , Bleackley M. , Dolan S. , Shafee T. Transcriptomics technologies.  (englanti)  // PLoS Computational Biology. - 2017. - toukokuu ( osa 13 , nro 5 ). - P. e1005457-1005457 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.1005457 . — PMID 28545146 .
  48. ↑ 1 2 Shiraki T. , Kondo S. , Katayama S. , Waki'K . , Kasukawa T. , Kawaji H. , Kodzius R. , Watahiki A. , Nakamura M. , Arakawa T. , Fukuda S. , Sasaki D. , Podhajska A. , Harbers M. , Kawai J. , Carninci P. , Hayashizaki Y. Cap-analyysigeenin ilmentyminen transkription lähtökohdan korkean suorituskyvyn analyysiin ja promoottorin käytön tunnistamiseen.  (englanniksi)  // Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut. - 2003. - 23. joulukuuta ( nide 100 , nro 26 ). - P. 15776-15781 . - doi : 10.1073/pnas.2136655100 . — PMID 14663149 .
  49. ↑ Romanov V. , Davidoff SN , Miles AR , Grainger DW , Gale BK , Brooks BD Kriittinen vertailu proteiinien mikrosirujen valmistustekniikoista.  (englanniksi)  // Analyytikko. - 2014. - 21. maaliskuuta ( nide 139 , nro 6 ). - s. 1303-1326 . - doi : 10.1039/c3an01577g . — PMID 24479125 .
  50. ↑ 1 2 Barbulovic-Nad I. , Lucente M. , Sun Y. , Zhang M. , Wheeler AR , Bussmann M. Bio-microarray valmistustekniikat - katsaus.  (englanniksi)  // Bioteknologian kriittiset arvostelut. - 2006. - lokakuu ( osa 26 , nro 4 ) - s. 237-259 . - doi : 10.1080/07388550600978358 . — PMID 17095434 .
  51. ↑ Auburn RP , Kreil DP , Meadows LA , Fischer B. , Matilla SS , Russell S. cDNA- ja oligonukleotidimikrosirujen robottitäplaaminen.  (englanniksi)  // Bioteknologian trendit. - 2005. - Heinäkuu ( osa 23 , nro 7 ). - s. 374-379 . - doi : 10.1016/j.tibtech.2005.04.002 . — PMID 15978318 .
  52. ↑ Shalon D. , Smith SJ , Brown PO DNA-mikrosirujärjestelmä monimutkaisten DNA-näytteiden analysointiin käyttämällä kaksiväristä fluoresoivaa koetinhybridisaatiota.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 1996. - Heinäkuu ( osa 6 , nro 7 ). - s. 639-645 . — PMID 8796352 .
  53. ↑ Lockhart DJ , Dong H. , Byrne MC , Follettie MT , Gallo MV , Chee MS , Mittmann M. , Wang C. , Kobayashi M. , Horton H. , Brown EL Ekspression seuranta hybridisaatiolla suuritiheyksisiin oligonukleotidiryhmiin.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 1996. - joulukuu ( osa 14 , nro 13 ). - s. 1675-1680 . - doi : 10.1038/nbt1296-1675 . — PMID 9634850 .
  54. ↑ Irizarry RA , Bolstad BM , Collin F. , Cope LM , Hobbs B. , Speed ​​​​TP -yhteenvedot Affymetrix GeneChip -anturin tason tiedoista.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2003. - 15. helmikuuta ( osa 31 , nro 4 ). - P. e15-15 . — PMID 12582260 .
  55. ↑ Selzer RR , Richmond TA , Pofahl NJ , Green RD , Eis PS , Nair P. , Brothman AR , Stallings RL . Kromosomirajojen analyysi neuroblastoomassa kiloemäksen alaresoluutiolla käyttäen hienojakoista oligonukleotidiryhmää CGH.  (englanniksi)  // Geenit, kromosomit ja syöpä. - 2005. - marraskuu ( osa 44 , nro 3 ) - s. 305-319 . - doi : 10.1002/gcc.20243 . — PMID 16075461 .
  56. ↑ Svensson V. , Vento-Tormo R. , Teichmann SA Yksisoluisen RNA-seq:n eksponentiaalinen skaalaus viimeisen vuosikymmenen aikana.  (englanniksi)  // Nature Protocols. - 2018. - huhtikuu ( osa 13 , nro 4 ). - s. 599-604 . - doi : 10.1038/nprot.2017.149 . — PMID 29494575 .
  57. ↑ Tachibana Chris. Transkriptomiikka nykyään: mikrosirut, RNA-seq ja paljon muuta   // Tiede . - 2015 - 31. heinäkuuta. — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.opms.p1500095 .
  58. ↑ 1 2 Nagalakshmi U. , Wang Z. , Waern K. , Shou C. , Raha D. , Gerstein M. , Snyder M. RNA-sekvensoinnin määrittelemä hiivan genomin transkriptiomaisema.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2008. - 6. kesäkuuta ( nide 320 , nro 5881 ). - s. 1344-1349 . - doi : 10.1126/tiede.1158441 . — PMID 18451266 .
  59. ↑ Su Z. , Fang H. , Hong H. , Shi L. , Zhang W. , Zhang W. , Zhang Y. , Dong Z. , Lancashire LJ , Bessarabova M. , Yang X. , Ning B. , Gong B . , Meehan J. , Xu J. , Ge W. , Perkins R. , Fischer M. , Tong W. Perinteisistä mikrosirutiedoista johdettujen biomarkkerien tutkiminen niiden käyttökelpoisuuden varmistamiseksi RNA-seq-aikakaudella.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2014. - 3. joulukuuta ( osa 15 , nro 12 ). - s. 523-523 . - doi : 10.1186/s13059-014-0523-y . — PMID 25633159 .
  60. ↑ Lee JH , Daugharthy ER , Scheiman J. , Kalhor R. , Yang JL , Ferrante TC , Terry R. , Jeanty SS , Li C. , Amamoto R. , Peters DT , Turczyk BM , Marblestone AH , Inverso SA , Bernard A . , Mali P. , Rios X. , Aach J. , Church GM Highly multiplexed subcellular RNA sekvensing in situ.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2014. - 21. maaliskuuta ( nide 343 , nro 6177 ). - s. 1360-1363 . - doi : 10.1126/tiede.1250212 . — PMID 24578530 .
  61. ↑ 1 2 Shendure J. , Ji H. Seuraavan sukupolven DNA-sekvensointi.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2008. - lokakuu ( osa 26 , nro 10 ). - s. 1135-1145 . - doi : 10.1038/nbt1486 . — PMID 18846087 .
  62. ↑ Lahens NF , Kavakli IH , Zhang R. , Hayer K. , Black MB , Dueck H. , Pizarro A. , Kim J. , Irizarry R. , Thomas RS , Grant GR , Hogenesch JB IVT-seq paljastaa äärimmäisen vinoutumisen RNA:ssa jaksotus.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2014. - 30. kesäkuuta ( nide 15 , nro 6 ). - s. 86-86 . - doi : 10.1186/gb-2014-15-6-r86 . — PMID 24981968 .
  63. ↑ 1 2 Knierim E. , Lucke B. , Schwarz JM , Schuelke M. , Seelow D. Kolmen menetelmän systemaattinen vertailu pitkän kantaman PCR-tuotteiden fragmentointiin seuraavan sukupolven sekvensointia varten.  (englanniksi)  // PloS One. - 2011. - Voi. 6 , ei. 11 . - P. e28240-28240 . - doi : 10.1371/journal.pone.0028240 . — PMID 22140562 .
  64. ↑ Routh A. , Head SR , Ordoukhanian P. , Johnson JE ClickSeq: Fragmentoitumaton seuraavan sukupolven sekvensointi adapterien napsautusligaatiolla stokastisesti päätettyihin 3'-Azido-cDNA:ihin.  (Englanti)  // Journal Of Molecular Biology. - 2015. - 14. elokuuta ( nide 427 , nro 16 ). - P. 2610-2616 . - doi : 10.1016/j.jmb.2015.06.011 . — PMID 26116762 .
  65. ↑ Parekh S. , Ziegenhain C. , Vieth B. , Enard W. , Hellmann I. Monistuksen vaikutus differentiaaliseen ilmentymisanalyyseihin RNA-seq.  (englanniksi)  // Tieteelliset raportit. - 2016. - 9. toukokuuta ( osa 6 ). - P. 25533-25533 . - doi : 10.1038/srep25533 . — PMID 27156886 .
  66. ↑ Shanker S. , Paulson A. , Edenberg HJ , Peak A. , Perera A. , Alekseyev YO , Beckloff N. , Bivens NJ , Donnelly R. , Gillaspy AF , Grove D. , Gu W. , Jafari N. , Kerley -Hamilton JS , Lyons RH , Tepper C. , Nicolet CM Kaupallisesti saatavien RNA-monistuspakkausten arviointi RNA-sekvensointia varten käyttämällä erittäin pieniä kokonais-RNA:n syöttömääriä.  (Englanti)  // Journal Of Biomolecular Techniques : JBT. - 2015. - huhtikuu ( osa 26 , nro 1 ). - s. 4-18 . - doi : 10.7171/jbt.15-2601-001 . — PMID 25649271 .
  67. ↑ Jiang L. , Schlesinger F. , Davis CA , Zhang Y. , Li R. , Salit M. , Gingeras TR , Oliver B. Synteettiset spike-in standardit RNA-seq-kokeisiin.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2011. - syyskuu ( osa 21 , nro 9 ). - s. 1543-1551 . - doi : 10.1101/gr.121095.111 . — PMID 21816910 .
  68. ↑ Kivioja T. , Vähärautio A. , Karlsson K. , Bonke M. , Enge M. , Linnarsson S. , Taipale J. Molekyylien absoluuttisten lukujen laskenta käyttäen yksilöllisiä molekyylitunnisteita.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2011. - 20. marraskuuta ( osa 9 , nro 1 ). - s. 72-74 . - doi : 10.1038/nmeth.1778 . — PMID 22101854 .
  69. ↑ Tang F. , Barbacioru C. , Wang Y. , Nordman E. , Lee C. , Xu N. , Wang X. , Bodeau J. , Tuch BB , Siddiqui A. , Lao K. , Surani MA mRNA-Seq kokonainen yhden solun transkriptioanalyysi.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2009. - Toukokuu ( osa 6 , nro 5 ). - s. 377-382 . - doi : 10.1038/nmeth.1315 . — PMID 19349980 .
  70. ↑ Islam S. , Zeisel A. , Joost S. , La Manno G. , Zajac P. , Kasper M. , Lönnerberg P. , Linnarsson S. Kvantitatiivinen yksisoluinen RNA-seq ainutlaatuisilla molekyylitunnistimilla.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2014. - Helmikuu ( osa 11 , nro 2 ). - s. 163-166 . - doi : 10.1038/nmeth.2772 . — PMID 24363023 .
  71. ↑ Jaitin DA , Kenigsberg E. , Keren-Shaul H. , Elefant N. , Paul F. , Zaretsky I. , Mildner A. , ​​Cohen N. , Jung S. , Tanay A. , Amit I. Massiivinen rinnakkainen yksisoluinen RNA-seq kudosten markkerittomaan hajoamiseen solutyypeiksi.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2014. - 14. helmikuuta ( nide 343 , nro 6172 ). - s. 776-779 . - doi : 10.1126/tiede.1247651 . — PMID 24531970 .
  72. ↑ Levin JZ , Yassour M. , Adiconis X. , Nusbaum C. , Thompson DA , Friedman N. , Gnirke A. , Regev A. Juoksespesifisten RNA-sekvensointimenetelmien kattava vertaileva analyysi.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2010. - syyskuu ( osa 7 , nro 9 ). - s. 709-715 . - doi : 10.1038/nmeth.1491 . — PMID 20711195 .
  73. ↑ Quail MA , Smith M. , Coupland P. , Otto TD , Harris SR , Connor TR , Bertoni A. , Swerdlow HP , Gu Y. Tarina kolmesta seuraavan sukupolven sekvensointialustasta: Ion Torrentin, Pacific Biosciencesin ja Illumina MiSeqin vertailu sekvensserit.  (englanniksi)  // BMC-genomiikka. - 2012. - Vol. 13. - s. 341. - doi : 10.1186/1471-2164-13-341 . — PMID 22827831 .
  74. ↑ 1 2 Liu L. , Li Y. , Li S. , Hu N. , He Y. , Pong R. , Lin D. , Lu L. , Law M. Seuraavan sukupolven sekvensointijärjestelmien vertailu.  (Englanti)  // Journal Of Biomedicine & Biotechnology. - 2012. - Vol. 2012 . - P. 251364-251364 . - doi : 10.1155/2012/251364 . — PMID 22829749 .
  75. ↑ SRA . Haettu: 6. lokakuuta 2016.
  76. ↑ Loman NJ , Misra RV , Dallman TJ , Constantinidou C. , Gharbia SE , Wain J. , Pallen MJ Pöytäkoneen korkean suorituskyvyn sekvensointialustojen suorituskykyvertailu.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2012. - toukokuu ( osa 30 , nro 5 ). - s. 434-439 . - doi : 10.1038/nbt.2198 . — PMID 22522955 .
  77. ↑ Goodwin S. , McPherson JD , McCombie WR Ikäraja: kymmenen vuotta seuraavan sukupolven sekvensointiteknologiaa.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2016. - 17. toukokuuta ( osa 17 , nro 6 ). - s. 333-351 . - doi : 10.1038/nrg.2016.49 . — PMID 27184599 .
  78. ↑ Garalde DR , Snell EA , Jachimowicz D. , Sipos B. , Lloyd JH , Bruce M. , Pantic N. , Admassu T. , James P. , Warland A. , Jordan M. , Ciccone J. , Serra S. , Keenan J. , Martin S. , McNeill L. , Wallace EJ , Jayasinghe L. , Wright C. , Blasco J. , Young S. , Brocklebank D. , Juul S. , Clarke J. , Heron AJ , Turner DJ Hyvin samansuuntainen suora RNA-sekvensointi nanohuokosten joukossa.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2018. - maaliskuu ( osa 15 , nro 3 ). - s. 201-206 . - doi : 10.1038/nmeth.4577 . — PMID 29334379 .
  79. ↑ Loman NJ , Quick J. , Simpson JT Täydellinen bakteerigenomi, joka koottiin de novo käyttäen vain nanohuokosekvensointitietoja.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2015. - elokuu ( osa 12 , nro 8 ). - s. 733-735 . - doi : 10.1038/nmeth.3444 . — PMID 26076426 .
  80. ↑ Ozsolak F. , Platt AR , Jones DR , Reifenberger JG , Sass LE , McInerney P. , Thompson JF , Bowers J. , Jarosz M. , Milos PM . Suora RNA-sekvensointi.  (englanniksi)  // Luonto. - 2009. - 8. lokakuuta ( nide 461 , nro 7265 ). - s. 814-818 . - doi : 10.1038/luonto08390 . — PMID 19776739 .
  81. ↑ 1 2 Hart SN , Therneau TM , Zhang Y. , Puola GA , Kocher JP Lasketaan näytekokoarvioita RNA-sekvensointitiedoille.  (englanti)  // Journal Of Computational Biology : Journal Of Computational Molecular Cell Biology. - 2013. - joulukuu ( osa 20 , nro 12 ). - s. 970-978 . - doi : 10.1089/cmb.2012.0283 . — PMID 23961961 .
  82. ↑ 1 2 3 Conesa A. , Madrigal P. , Tarazona S. , Gomez-Cabrero D. , Cervera A. , McPherson A. , Szcześniak MW , Gaffney DJ , Elo LL , Zhang X. , Mortazavi A. Tutkimus parhaista RNA-seq-dataanalyysin käytännöt.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2016. - 26. tammikuuta ( osa 17 ). - s. 13-13 . - doi : 10.1186/s13059-016-0881-8 . — PMID 26813401 .
  83. ↑ Rapaport F. , Khanin R. , Liang Y. , Pirun M. , Krek A. , Zumbo P. , Mason CE , Socci ND , Betel D. RNA-seq datan differentiaalisen geeniekspression analyysimenetelmien kattava arviointi.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2013. - Vol. 14 , ei. 9 . - s. 95-95 . - doi : 10.1186/gb-2013-14-9-r95 . — PMID 24020486 .
  84. ↑ Integroitu tietosanakirja DNA-elementeistä ihmisen genomissa.  (englanniksi)  // Luonto. - 2012. - Vol. 489, nro 7414 . - s. 57-74. - doi : 10.1038/luonto11247 . — PMID 22955616 .
  85. ↑ Sloan CA , Chan ET , Davidson JM , Malladi VS , Strattan JS , Hitz BC , Gabdank I. , Narayanan AK , Ho M. , Lee BT , Rowe LD , Dreszer TR , Roe G. , Podduturi FNR , Tanaka Hong EL , Cherry JM ENCODE tiedot ENCODE-portaalissa.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2016. - 4. tammikuuta ( osa 44 , nro D1 ). - P.D726-732 . - doi : 10.1093/nar/gkv1160 . — PMID 26527727 .
  86. ↑ ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements . encodeproject.org .
  87. ↑ 1 2 Ritchie ME , Phipson B. , Wu D. , Hu Y. , Law CW , Shi W. , Smyth GK limma tehostaa differentiaalisia ilmentymisanalyysejä RNA-sekvensointia ja mikrosirututkimuksia varten.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2015. - 20. huhtikuuta ( osa 43 , nro 7 ). - s. e47-47 . - doi : 10.1093/nar/gkv007 . — PMID 25605792 .
  88. ↑ 1 2 Robinson MD , McCarthy DJ , Smyth GK edgeR: Bioconductor-paketti digitaalisten geeniekspressiotietojen differentiaaliseen ilmentymisanalyysiin.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2010. - 1. tammikuuta ( nide 26 , nro 1 ). - s. 139-140 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btp616 . — PMID 19910308 .
  89. ↑ 1 2 Huber W. , Carey VJ , Gentleman R. , Anders S. , Carlson M. , Carvalho BS , Bravo HC , Davis S. , Gatto L. , Girke T. , Gottardo R. , Hahne F. , Hansen KD , Irizarry RA , Lawrence M. , Love MI , MacDonald J. , Obenchain V. , Oleś AK , Pagès H. , Reyes A. , Shannon P. , Smyth GK , Tenenbaum D. , Waldron L. , Morgan M. Orchestrating -läpivirtaus genomianalyysi Bioconductorilla.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2015. - Helmikuu ( osa 12 , nro 2 ). - s. 115-121 . - doi : 10.1038/nmeth.3252 . — PMID 25633503 .
  90. ↑ Smyth, GK Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and  Bioconductor . - Springer, New York, NY, 2005. - P. 397-420. — (Biologian ja terveyden tilastot). — ISBN 9780387251462 . - doi : 10.1007/0-387-29362-0_23 .
  91. ↑ Steve, Russell. Microarray Technology in Practice  (uuspr.) . - Burlington: Elsevier , 2008. - ISBN 9780080919768 .
  92. ↑ 1 2 Haas BJ , Papanicolaou A. , Yassour M. , Grabherr M. , Blood PD , Bowden J. , Couger MB , Eccles D. , Li B. , Lieber M. , MacManes MD , Ott M. , Orvis J. , Pochet N. , Strozzi F. , Weeks N. , Westerman R. , William T. , Dewey CN , Henschel R. , LeDuc RD , Friedman N. , Regev A. De novo transkriptiosekvenssin rekonstruktio RNA-seq:stä käyttäen Trinityä alusta viitteiden luomiseen ja analysointiin.  (englanniksi)  // Nature Protocols. - 2013. - elokuu ( osa 8 , nro 8 ). - s. 1494-1512 . - doi : 10.1038/nprot.2013.084 . — PMID 23845962 .
  93. ↑ 1 2 Pertea M. , Pertea GM , Antonescu CM , Chang TC , Mendell JT , Salzberg SL StringTie mahdollistaa parannetun transkription rekonstruoinnin RNA-seq-lukemista.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2015. - maaliskuu ( osa 33 , nro 3 ). - s. 290-295 . - doi : 10.1038/nbt.3122 . — PMID 25690850 .
  94. ↑ Kodama Y. , Shumway M. , Leinonen R. , International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Sekvenssien lukuarkisto: sekvensointitietojen räjähdysmäinen kasvu.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2012. - tammikuu ( osa 40 ). - P.D54-56 . doi : 10.1093 / nar/gkr854 . — PMID 22009675 .
  95. ↑ 1 2 Edgar R. , Domrachev M. , Lash AE Gene Expression Omnibus: NCBI-geeniekspressio- ja hybridisaatiomatriisitietovarasto.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2002. - 1. tammikuuta ( osa 30 , nro 1 ) - s. 207-210 . — PMID 11752295 .
  96. ↑ 1 2 Petrov Anton , Shams Soheil. Microarray-kuvankäsittely ja laadunvalvonta  //  The Journal of VLSI Signal Processing-Systems for Signal, Image, and Video Technology. - 2004. - marraskuu ( osa 38 , nro 3 ) . - s. 211-226 . — ISSN 0922-5773 . - doi : 10.1023/B:VLSI.0000042488.08307.ad .
  97. ↑ Kwon, Young Min; Ricke, Steven. Korkean suorituskyvyn seuraavan sukupolven  sekvensointi . - SpringerLink . - doi : 10.1007/978-1-61779-089-8 .
  98. ↑ Nakamura K. , Oshima T. , Morimoto T. , Ikeda S. , Yoshikawa H. , Shiwa Y. , Ishikawa S. , Linak MC , Hirai A. , Takahashi H. , Altaf-Ul-Amin M. , Ogasawara N. . , Kanaya S. Illumina-sekvenssereiden sekvenssikohtainen virheprofiili.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2011. - heinäkuu ( osa 39 , nro 13 ). -P.e90-90 . _ - doi : 10.1093/nar/gkr344 . — PMID 21576222 .
  99. ↑ Van Verk MC , Hickman R. , Pieterse CM , Van Wees SC RNA-Seq: sanansaattajien ilmestys.  (Englanti)  // Kasvitieteen suuntaukset. - 2013. - huhtikuu ( osa 18 , nro 4 ). - s. 175-179 . - doi : 10.1016/j.tplants.2013.02.001 . — PMID 23481128 .
  100. ↑ FastQC: Laadunvalvontatyökalu korkean suorituskyvyn sekvenssitiedoille . Babraham Bioinformatiikka. Haettu: 23.5.2017.
  101. ↑ Lo CC , Chain PS Nopea arviointi ja laadunvalvonta seuraavan sukupolven sekvensointidatan FaQC:illä.  (englanti)  // BMC Bioinformatics. - 2014. - 19. marraskuuta ( osa 15 ). - s. 366-366 . - doi : 10.1186/s12859-014-0366-2 . — PMID 25408143 .
  102. ↑ 1 2 3 Trapnell C. , Hendrickson DG , Sauvageau M. , Goff L. , Rinn JL , Pachter L. Geenisäätelyn differentiaalinen analyysi transkription resoluutiolla RNA-seq.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2013. - tammikuu ( osa 31 , nro 1 ). - s. 46-53 . - doi : 10.1038/nbt.2450 . — PMID 23222703 .
  103. ↑ 1 2 Xie Y. , Wu G. , Tang J. , Luo R. , Patterson J. , Liu S. , Huang W. , He G. , Gu S. , Li S. , Zhou X. , Lam TW , Li Y. , Xu X. , Wong GK , Wang J. SOAPdenovo-Trans: de novo transkriptiokokoonpano lyhyillä RNA-Seq-lukemilla.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2014. - 15. kesäkuuta ( nide 30 , nro 12 ). - s. 1660-1666 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu077 . — PMID 24532719 .
  104. ↑ Fonseca NA , Rung J. , Brazma A. , Marioni JC Työkaluja korkean suorituskyvyn sekvensointitietojen kartoittamiseen.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2012. - 15. joulukuuta ( nide 28 , nro 24 ). - s. 3169-3177 . - doi : 10.1093/bioinformatics/bts605 . — PMID 23060614 .
  105. ↑ Trapnell C. , Pachter L. , Salzberg S.L. TopHat: silmukointiliitosten löytäminen RNA-Seq.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2009. - Vol. 25, ei. 9 . - s. 1105-1111. - doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . — PMID 19289445 .
  106. ↑ 1 2 Trapnell C. , Williams BA , Pertea G. , Mortazavi A. , Kwan G. , van Baren MJ , Salzberg SL , Wold BJ , Pachter L. Transkriptien kokoaminen ja kvantifiointi RNA-Seq:llä paljastaa kommentoimattomia transkriptioita ja isoform-vaihtoja solujen erilaistuminen.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2010. - toukokuu ( osa 28 , nro 5 ). - s. 511-515 . - doi : 10.1038/nbt.1621 . — PMID 20436464 .
  107. ↑ Miller JR , Koren S. , Sutton G. Kokoonpanoalgoritmit seuraavan sukupolven sekvensointitiedoille.  (englanniksi)  // Genomiikka. - 2010. - Kesäkuu ( osa 95 , nro 6 ) - s. 315-327 . - doi : 10.1016/j.ygeno.2010.03.001 . — PMID 20211242 .
  108. ↑ O'Neil ST , Emrich SJ Arvioimassa De Novon transkriptiokokoonpanon mittareita johdonmukaisuuden ja hyödyllisyyden vuoksi.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2013. - 9. heinäkuuta ( osa 14 ). - s. 465-465 . - doi : 10.1186/1471-2164-14-465 . — PMID 23837739 .
  109. ↑ Smith-Unna R. , Boursnell C. , Patro R. , Hibberd JM , Kelly S. TransRate: referenssitön laadunarviointi de novo -transkriptomikokoonpanoista.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2016. - elokuu ( osa 26 , nro 8 ). - s. 1134-1144 . - doi : 10.1101/gr.196469.115 . — PMID 27252236 .
  110. ↑ Li B. , Fillmore N. , Bai Y. , Collins M. , Thomson JA , Stewart R. , Dewey CN . De novo -transkriptomikokoonpanojen arviointi RNA-Seq-tiedoista.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2014. - 21. joulukuuta ( osa 15 , nro 12 ). - s. 553-553 . - doi : 10.1186/s13059-014-0553-5 . — PMID 25608678 .
  111. ↑ Zerbino DR , Birney E. Velvet: algoritmit de novo lyhyelle lukukokoonpanolle käyttäen de Bruijn-kaavioita.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2008. - Toukokuu ( osa 18 , nro 5 ). - s. 821-829 . - doi : 10.1101/gr.074492.107 . — PMID 18349386 .
  112. ↑ Schulz MH , Zerbino DR , Vingron M. , Birney E. Oases: vankka de novo RNA-seq -kokoonpano ekspressiotasojen dynaamisella alueella.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2012. - 15. huhtikuuta ( nide 28 , nro 8 ). - s. 1086-1092 . - doi : 10.1093/bioinformatics/bts094 . — PMID 22368243 .
  113. ↑ Robertson G. , Schein J. , Chiu R. , Corbett R. , Field M. , Jackman SD , ​​Mungall K. , Lee S. , Okada HM , Qian JQ , Griffith M. , Raymond A. , Thiessen N. Cezard T. , Butterfield YS , Newsome R. , Chan SK , She R. , Varhol R. , Kamoh B. , Prabhu AL , Tam A. , Zhao Y. , Moore RA , Hirst M. , Marra MA , Jones SJ , Hoodless PA , Birol I. RNA-seq-datan de novo kokoonpano ja analyysi.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2010. - marraskuu ( osa 7 , nro 11 ). - s. 909-912 . - doi : 10.1038/nmeth.1517 . — PMID 20935650 .
  114. ↑ 1 2 Grabherr MG , Haas BJ , Yassour M. , Levin JZ , Thompson DA , Amit I. , Adiconis X. , Fan L. , Raychowdhury R. , Zeng Q. , Chen Z. , Mauceli E. , Hacohen N. , Gnirke A. , Rhind N. , di Palma F. , Birren BW , Nusbaum C. , Lindblad-Toh K. , Friedman N. , Regev A. Täyspitkä transkriptikokoonpano RNA-Seq-tiedoista ilman referenssigenomia.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2011. - 15. toukokuuta ( nide 29 , nro 7 ). - s. 644-652 . - doi : 10.1038/nbt.1883 . — PMID 21572440 .
  115. ↑ Chevreux B. , Pfisterer T. , Drescher B. , Driesel AJ , Müller WE , Wetter T. , Suhai S. MiraEST-asentajan käyttö luotettavaan ja automatisoituun mRNA-transkription kokoamiseen ja SNP-detektioon sekvensoiduissa EST:issä.  (englanniksi)  // Genomitutkimus. - 2004. - Kesäkuu ( osa 14 , nro 6 ). - s. 1147-1159 . - doi : 10.1101/gr.1917404 . — PMID 15140833 .
  116. ↑ Margulies M. , Egholm M. , Altman WE , Attiya S. , Bader JS , Bemben LA , Berka J. , Braverman MS , Chen YJ , Chen Z. , Dewell SB , Du L. , Fierro JM , Gomes XV , Godwin BC , He W. , Helgesen S. , Ho CH , Irzyk GP , Jando SC , Alenquer ML , Jarvie TP , Jirage KB , Kim JB , Knight JR , Lanza JR , Leamon JH , Lefkowitz SM , Lei M. , Li J. , Lohman KL , Lu H. , Makhijani VB , McDade KE , McKenna MP , Myers EW , Nickerson E. , Nobile JR , Plant R. , Puc BP , Ronan MT , Roth GT , Sarkis GJ , Simons JF , Simprinivasan M. , Tartaro KR , Tomasz A. , Vogt KA , Volkmer GA , Wang SH , Wang Y. , Weiner MP , Yu P. , Begley RF , Rothberg JM Genomin sekvensointi mikrovalmistetuissa korkeatiheyksisissa pikolitrareaktoreissa.  (englanniksi)  // Luonto. - 2005. - 15. syyskuuta ( nide 437 , nro 7057 ). - s. 376-380 . - doi : 10.1038/luonto03959 . — PMID 16056220 .
  117. ↑ Kumar S. , Blaxter ML Vertaamassa de novo -asentajia 454 transkriptitietojen osalta.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2010. - 16. lokakuuta ( osa 11 ). - s. 571-571 . - doi : 10.1186/1471-2164-11-571 . — PMID 20950480 .
  118. ↑ Bankevich A. , Nurk S. , Antipov D. , Gurevich AA , Dvorkin M. , Kulikov AS , Lesin VM , Nikolenko SI , Pham S. , Prjibelski AD , Pyshkin AV , Sirotkin AV , Vyahhi N. , Tesler G. Alekseyev MA , Pevzner PA SPAdes: uusi genomin kokoamisalgoritmi ja sen sovellukset yksisolusekvensointiin.  (englanti)  // Journal Of Computational Biology : Journal Of Computational Molecular Cell Biology. - 2012. - toukokuu ( osa 19 , nro 5 ). - s. 455-477 . - doi : 10.1089/cmb.2012.0021 . — PMID 22506599 .
  119. ↑ Li B. , Dewey CN RSEM: tarkka transkriptin kvantifiointi RNA-Seq-tiedoista referenssigenomin kanssa tai ilman sitä.  (englanti)  // BMC Bioinformatics. - 2011. - 4. elokuuta ( nide 12 ). - s. 323-323 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-323 . — PMID 21816040 .
  120. ↑ Gehlenborg N. , O'Donoghue SI , Baliga NS , Goesmann A. , Hibbs MA , Kitano H. , Kohlbacher O. , Neuweger H. , Schneider R. , Tenenbaum D. , Gavin AC Omiikkatietojen visualisointi biologisille järjestelmille.  (englanniksi)  // Nature Methods. - 2010. - Maaliskuu ( osa 7 , nro 3 Suppl ). - s. 56-68 . - doi : 10.1038/nmeth.1436 . — PMID 20195258 .
  121. ↑ Anders S. , Pyl PT , Huber W. HTSeq – Python-kehys, joka toimii suuren suorituskyvyn sekvensointidatan kanssa.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2015. - 15. tammikuuta ( nide 31 , nro 2 ). - s. 166-169 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btu638 . — PMID 25260700 .
  122. ↑ Bray NL , Pimentel H. , Melsted P. , Pachter L. Near-optimal probabilistic RNA-seq kvantifiointi.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2016. - toukokuu ( osa 34 , nro 5 ). - s. 525-527 . - doi : 10.1038/nbt.3519 . — PMID 27043002 .
  123. ↑ Li H. , Handsaker B. , Wysoker A. , ​​Fennell T. , Ruan J. , Homer N. , Marth G. , Abecasis G. , Durbin R. , 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. Sequence Alignment/Map -muoto ja SAMtools.  (englanti)  // Bioinformatiikka. - 2009. - 15. elokuuta ( osa 25 , nro 16 ). - s. 2078-2079 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btp352 . — PMID 19505943 .
  124. ↑ Love MI , Huber W. , Anders S. Moderoitu estimointi kerta-muutoksesta ja dispersiosta RNA-seq-datalle DESeq2:lla.  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2014. - Vol. 15 , ei. 12 . - s. 550-550 . - doi : 10.1186/s13059-014-0550-8 . — PMID 25516281 .
  125. ↑ Frazee AC , Pertea G. , Jaffe AE , Langmead B. , Salzberg SL , Leek JT Ballgown muodostaa sillan transkriptiokokoonpanon ja ilmentymisanalyysin välillä.  (englanniksi)  // Nature Biotechnology. - 2015. - maaliskuu ( osa 33 , nro 3 ). - s. 243-246 . - doi : 10.1038/nbt.3172 . — PMID 25748911 .
  126. ↑ Fang Z. , Cui X. Suunnittelu- ja validointiongelmat RNA-seq-kokeissa.  (englanti)  // Briefings In Bioinformatics. - 2011. - toukokuu ( osa 12 , nro 3 ) - s. 280-287 . - doi : 10.1093/bib/bbr004 . — PMID 21498551 .
  127. ↑ Ramsköld D. , Wang ET , Burge CB , Sandberg R. Kudosten transkriptiosekvenssitiedoista paljastettu runsaasti kaikkialla ilmentyviä geenejä.  (englanti)  // PLoS Computational Biology. - 2009. - Joulukuu ( osa 5 , nro 12 ). - P. e1000598-1000598 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.1000598 . — PMID 20011106 .
  128. ↑ Vandesompele J. , De Preter K. , Pattyn F. , Poppe B. , Van Roy N. , De Paepe A. , Speleman F. Reaaliaikaisten kvantitatiivisten RT-PCR-tietojen tarkka normalisointi useiden sisäisten kontrolligeenien geometrisella keskiarvolla .  (englanniksi)  // Genomibiologia. - 2002. - 18. kesäkuuta ( nide 3 , nro 7 ). - P. 0034-0034 . — PMID 12184808 .
  129. ↑ Core LJ , Waterfall JJ , Lis JT Syntyvän RNA:n sekvensointi paljastaa laajalle levinneen tauon ja erilaisen aloituksen ihmisen promoottorissa.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2008. - 19. joulukuuta ( nide 322 , nro 5909 ). - P. 1845-1848 . - doi : 10.1126/tiede.1162228 . — PMID 19056941 .
  130. ↑ Camarena L. , Bruno V. , Euskirchen G. , Poggio S. , Snyder M. RNA-sekvensoinnilla paljastetut etanolin aiheuttaman patogeneesin molekyylimekanismit.  (englanniksi)  // PLoS-patogeenit. - 2010. - 1. huhtikuuta ( osa 6 , nro 4 ) - P. e1000834-1000834 . - doi : 10.1371/journal.ppat.1000834 . — PMID 20368969 .
  131. ↑ 1 2 Govind G. , Harshavardhan VT , Patricia JK , Dhanalakshmi R. , Senthil Kumar M. , Sreenivasulu N. , Udayakumar M. Ainutlaatuisen kuivuuden aiheuttamien geenien identifiointi ja toiminnallinen validointi, joka ilmentyy ensisijaisesti vasteena asteittaiselle vesistressille maapähkinä.  (englanniksi)  // Molecular Genetics and Genomics : MGG. - 2009. - Kesäkuu ( nide 281 , nro 6 ). - s. 591-605 . - doi : 10.1007/s00438-009-0432-z . — PMID 19224247 .
  132. ↑ Costa V. , Aprile M. , Esposito R. , Ciccodicola A. RNA-Seq ja ihmisen monimutkaiset sairaudet: viimeaikaiset saavutukset ja tulevaisuuden näkymät.  (Englanti)  // European Journal Of Human Genetics : EJHG. - 2013. - Helmikuu ( osa 21 , nro 2 ). - s. 134-142 . - doi : 10.1038/ejhg.2012.129 . — PMID 22739340 .
  133. ↑ Khurana E. , Fu Y. , Chakravarty D. , Demichelis F. , Rubin MA , Gerstein M. Role of ei-koodaavia sekvenssivariantteja syövässä.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2016. - Helmikuu ( osa 17 , nro 2 ). - s. 93-108 . - doi : 10.1038/nrg.2015.17 . — PMID 26781813 .
  134. ↑ Slotkin RK , Martienssen R. Transposoituvat elementit ja genomin epigeneettinen säätely.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2007. - huhtikuu ( osa 8 , nro 4 ). - s. 272-285 . doi : 10.1038 / nrg2072 . — PMID 17363976 .
  135. ↑ Proserpio V. , Mahata B. Yksisoluteknologiat immuunijärjestelmän tutkimiseen.  (englanniksi)  // Immunologia. - 2016. - Helmikuu ( osa 147 , nro 2 ). - s. 133-140 . - doi : 10.1111/imm.12553 . — PMID 26551575 .
  136. ↑ 1 2 Byron SA , Van Keuren-Jensen KR , Engelthaler DM , Carpten JD , Craig DW . RNA-sekvensoinnin muuntaminen kliiniseksi diagnostiikaksi: mahdollisuuksia ja haasteita.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2016. - toukokuu ( osa 17 , nro 5 ). - s. 257-271 . - doi : 10.1038/nrg.2016.10 . — PMID 26996076 .
  137. ↑ Wu HJ , Wang AH , Jennings MP Patogeenisten bakteerien virulenssitekijöiden löytäminen.  (englanniksi)  // Current Opinion in Chemical Biology. - 2008. - Helmikuu ( osa 12 , nro 1 ) - s. 93-101 . - doi : 10.1016/j.cbpa.2008.01.023 . — PMID 18284925 .
  138. ↑ Suzuki S. , Horinouchi T. , Furusawa C. Antibioottiresistenssin ennustaminen geeniekspressioprofiilien perusteella.  (englanti)  // Nature Communications. - 2014. - 17. joulukuuta ( nide 5 ). - P. 5792-5792 . - doi : 10.1038/ncomms6792 . — PMID 25517437 .
  139. ↑ Westermann AJ , Gorski SA , Vogel J. Patogeenin ja isännän kaksois-RNA-sekvenssi.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. mikrobiologia. - 2012. - syyskuu ( osa 10 , nro 9 ). - s. 618-630 . - doi : 10.1038/nrmicro2852 . — PMID 22890146 .
  140. ↑ Durmuş S. , Çakır T. , Özgür A. , ​​Guthke R. Katsaus patogeeni-isäntävuorovaikutusten laskennalliseen systeemibiologiaan.  (Englanti)  // Mikrobiologian rajat. - 2015. - Vol. 6 . - s. 235-235 . - doi : 10.3389/fmicb.2015.00235 . — PMID 25914674 .
  141. ↑ 1 2 Garg R. , Shankar R. , Thakkar B. , Kudapa H. , Krishnamurthy L. , Mantri N. , Varshney RK , Bhatia S. , Jain M. Transkriptomianalyysit paljastavat genotyyppi- ja kehitysvaihespesifisiä molekyylivasteita kuivuus ja suolaisuusstressit kikherneessä.  (englanniksi)  // Tieteelliset raportit. - 2016. - 13. tammikuuta ( osa 6 ). - P. 19228-19228 . - doi : 10.1038/srep19228 . — PMID 26759178 .
  142. ↑ García-Sánchez S. , Aubert S. , Iraqui I. , Janbon G. , Ghigo JM , d'Enfert C. Candida albicansin biofilmit: kehitystila, joka liittyy spesifisiin ja vakaisiin geenien ilmentymismalleihin.  (englanniksi)  // Eukaryotic Cell. - 2004. - Huhtikuu ( osa 3 , nro 2 ). - s. 536-545 . — PMID 15075282 .
  143. ↑ Rich SM , Leendertz FH , Xu G. , LeBreton M. , Djoko CF , Aminake MN , Takang EE , Diffo JL , Pike BL , Rosenthal BM , Formenty P. , Boesch C. , Ayala NDJ : n alkuperä, malignant malaria.  (englanniksi)  // Amerikan yhdysvaltojen kansallisen tiedeakatemian julkaisut. - 2009. - 1. syyskuuta ( nide 106 , nro 35 ). - P. 14902-14907 . - doi : 10.1073/pnas.0907740106 . — PMID 19666593 .
  144. ↑ Mok S. , Ashley EA , Ferreira PE , Zhu L. , Lin Z. , Yeo T. , Chotivanich K. , Imwong M. , Pukrittayakamee S. , Dhorda M. , Nguon C. , Lim P. , Amaratunga C. , Suon S. , Hien TT , Htut Y. , Faiz MA , Onyamboko MA , Mayxay M. , Newton PN , Tripura R. , Woodrow CJ , Miotto O. , Kwiatkowski DP , Nosten F. , Day NP , Preiser PR , White NJ , Dondorp AM , Fairhurst RM , Bozdech Z. Lääkeresistenssi. Ihmisen malarialoisten populaatiotranskriptomiikka paljastaa artemisiniiniresistenssin mekanismin.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2015. - 23. tammikuuta ( nide 347 , nro 6220 ). - s. 431-435 . - doi : 10.1126/tiede.1260403 . — PMID 25502316 .
  145. ↑ Verbruggen N. , Hermans C. , Schat H. Metallien liikakertymisen molekyylimekanismit kasveissa.  (englanniksi)  // Uusi fytologi. - 2009. - Maaliskuu ( osa 181 , nro 4 ) - s. 759-776 . - doi : 10.1111/j.1469-8137.2008.02748.x . — PMID 19192189 .
  146. ↑ Li Z. , Zhang Z. , Yan P. , Huang S. , Fei Z. , Lin K. RNA-Seq parantaa proteiinia koodaavien geenien annotaatiota kurkkugenomissa.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2011. - 2. marraskuuta ( nide 12 ). - s. 540-540 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-540 . — PMID 22047402 .
  147. ↑ Hobbs M. , Pavasovic A. , King AG , Prentis PJ , Eldridge MD , Chen Z. , Colgan DJ , Polkinghorne A. , Wilkins MR , Flanagan C. , Gillett A. , Hanger J. , Johnson RN , Timms P. Transkriptioresurssi koalalle (Phascolarctos cinereus): näkemyksiä koalan retroviruksen transkriptiosta ja sekvenssien monimuotoisuudesta.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2014. - 11. syyskuuta ( osa 15 ). - s. 786-786 . - doi : 10.1186/1471-2164-15-786 . — PMID 25214207 .
  148. ↑ Howe GT , Yu J. , Knaus B. , Cronn R. , Kolpak S. , Dolan P. , Lorenz WW , ​​Dean JF Douglas-fir:n SNP-resurssi: de novo -transkriptomien kokoonpano ja SNP-tunnistus ja validointi.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2013. - 28. helmikuuta ( osa 14 ). - s. 137-137 . - doi : 10.1186/1471-2164-14-137 . — PMID 23445355 .
  149. ↑ McGrath LL , Vollmer SV , Kaluziak ST , Ayers J. De novo transkriptiokokoonpano hummerille Homarus americanus ja differentiaalisen geeniekspression karakterisointi hermoston kudoksissa.  (englanniksi)  // BMC Genomics. - 2016. - 16. tammikuuta ( osa 17 ). - s. 63-63 . - doi : 10.1186/s12864-016-2373-3 . — PMID 26772543 .
  150. ↑ Noller HF Ribosomal RNA ja translaatio.  (Englanti)  // Annual Review Of Biochemistry. - 1991. - Voi. 60 . - s. 191-227 . - doi : 10.1146/annurev.bi.60.070191.001203 . — PMID 1883196 .
  151. ↑ Christov CP , Gardiner TJ , Szüts D. , Krude T. Ei-koodaavien Y-RNA:iden toiminnallinen vaatimus ihmisen kromosomaalisen DNA:n replikaatiossa.  (englanti)  // Molekyyli- ja solubiologia. - 2006. - Voi. 26, nro. 18 . - P. 6993-7004. - doi : 10.1128/MCB.01060-06 . — PMID 16943439 .
  152. ↑ Kishore S. , Stamm S. SnoRNA HBII-52 säätelee serotoniinireseptorin 2C vaihtoehtoista silmukointia.  (englanti)  // Tiede (New York, NY). - 2006. - 13. tammikuuta ( nide 311 , nro 5758 ). - s. 230-232 . - doi : 10.1126/tiede.1118265 . — PMID 16357227 .
  153. ↑ Hüttenhofer A. , ​​Schattner P. , Polacek N. Ei-koodaavat RNA:t: toivoa vai hypeä?  (englanniksi)  // Trends In Genetics : TIG. - 2005. - Toukokuu ( osa 21 , nro 5 ). - s. 289-297 . - doi : 10.1016/j.tig.2005.03.007 . — PMID 15851066 .
  154. ↑ Esteller M. Ei-koodaavat RNA:t ihmisen sairauksissa.  (englanniksi)  // Luontoarvostelut. genetiikka. - 2011. - 18. marraskuuta ( osa 12 , nro 12 ). - s. 861-874 . doi : 10.1038 / nrg3074 . — PMID 22094949 .
  155. ↑ Gene Expression Omnibus . www.ncbi.nlm.nih.gov . Käyttöönottopäivä: 26.3.2018.
  156. ↑ 1 2 Brazma A. , Hingamp P. , Quackenbush J. , Sherlock G. , Spellman P. , Stoeckert C. , Aach J. , Ansorge W. , Ball CA , Causton HC , Gaasterland T. , Glenisson P. , Holstege FC , Kim IF , Markowitz V. , Matese JC , Parkinson H. , Robinson A. , Sarkans U. , Schulze-Kremer S. , Stewart J. , Taylor R. , Vilo J. , Vingron M. Minimitiedot microarraysta kokeilu (MIAME) - kohti microarray-tietojen standardeja.  (englanniksi)  // Nature Genetics. - 2001. - joulukuu ( osa 29 , nro 4 ) . - s. 365-371 . - doi : 10.1038/ng1201-365 . — PMID 11726920 .
  157. ↑ 1 2 Brazma A. Minimitiedot Microarray Experimentista (MIAME) – onnistumisia, epäonnistumisia, haasteita.  (englanti)  // TheScientificWorldJournal. - 2009. - 29. toukokuuta ( osa 9 ). - s. 420-423 . - doi : 10.1100/tsw.2009.57 . — PMID 19484163 .
  158. ↑ Kolesnikov N. , Hastings E. , Keays M. , Melnichuk O. , Tang YA , Williams E. , Dylag M. , Kurbatova N. , Brandizi M. , Burdett T. , Megy K. , Pilicheva E. , Rustici G. , Tikhonov A. , Parkinson H. , Petryszak R. , Sarkans U. , Brazma A. ArrayExpress-päivitys – tietojen lähettämisen yksinkertaistaminen.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2015. - tammikuu ( osa 43 ). - P. D1113-1116 . doi : 10.1093 / nar/gku1057 . — PMID 25361974 .
  159. ↑ Petryszak R. , Keays M. , Tang YA , Fonseca NA , Barrera E. , Burdett T. , Füllgrabe A. , Fuentes AM , Jupp S. , Koskinen S. , Mannion O. , Huerta L. , Megy K. , Snow C. , Williams E. , Barzine M. , Hastings E. , Weisser H. , Wright J. , Jaiswal P. , Huber W. , Choudhary J. , Parkinson HE , Brazma A. Expression Atlas update - integroitu tietokanta geenien ja proteiinien ilmentymisestä ihmisissä, eläimissä ja kasveissa.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2016. - 4. tammikuuta ( osa 44 , nro D1 ). - P. D746-752 . - doi : 10.1093/nar/gkv1045 . — PMID 26481351 .
  160. ↑ Hruz T. , Laule O. , Szabo G. , Wessendorp F. , Bleuler S. , Oertle L. , Widmayer P. , Gruissem W. , Zimmermann P. Genevestigator v3: viiteilmaisutietokanta transkriptomien meta-analyysiin .  (Englanti)  // Bioinformatiikan edistysaskel. - 2008. - Voi. 2008 . - P. 420747-420747 . - doi : 10.1155/2008/420747 . — PMID 19956698 .
  161. ↑ Mitsuhashi N. , Fujieda K. , Tamura T. , Kawamoto S. , Takagi T. , Okubo K. BodyParts3D: 3D-rakennetietokanta anatomisille käsitteille.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2009. - tammikuu ( osa 37 ). - P.D782-785 . - doi : 10.1093/nar/gkn613 . — PMID 18835852 .
  162. ↑ Zhao Y. , Li H. , Fang S. , Kang Y. , Wu W. , Hao Y. , Li Z. , Bu D. , Sun N. , Zhang MQ , Chen R. NONCODE 2016: informatiivinen ja informatiivinen pitkien ei-koodaavien RNA:iden tietolähde.  (englanniksi)  // Nucleic Acids Research. - 2016. - 4. tammikuuta ( osa 44 , nro D1 ). - P.D203-208 . - doi : 10.1093/nar/gkv1252 . — PMID 26586799 .
  Siirry Wikidata-kohteeseen  Sanakirjat ja tietosanakirjat