Inka-armeijaa pidettiin alueen vahvimpana armeijana, johon kuului kymmeniä tuhansia sotureita, tuolloin kehittyneimmät aseet ja erinomaista taistelutaktiikkaa erilaisissa olosuhteissa. Inkat eivät olleet tottuneet puolustautumaan: Tahuantinsuyun koko historia on sarja sotilaallisia kampanjoita, joiden tarkoituksena on laajentaa omaisuutta ja hankkia uutta vaurautta. Tästä syystä hyökkäyksen ja piirityksen taito, hyökkäysaseet ja vastaavat taktiikat kehittyivät tähän suuntaan.
Koko Tahuantinsuyun armeija oli jaettu kahteen osaan: ensimmäinen oli Imperiumin sotilaallinen eliitti, valikoivammat sotilaat, jotka muodostivat inkojen henkilökohtaisen armeijan ; toinen on päähenkilöstö, joka on mobilisoitu väestöstä sotilaskampanjoiden ajaksi. Mobilisaatio koski kaikkia 25-50-vuotiaita miehiä. Suurin osa Cuzcossa rekrytoidusta armeijasta täydennettiin kampanjoiden aikana jo valloitettujen kansojen kustannuksella, jotka lupasivat toimittaa kansalleen. Inka-armeija kasvoi siis useisiin kymmeniin ja jopa satoihin tuhansiin ihmisiin.
Auka runa (sotilaat) aloitti sotilaallisen koulutuksensa jo lapsuudessa hankkimalla taitoja aseisiin ja käsitaisteluihin . Kahdeksantoista vuoden jälkeen nuoret soturit palvelivat maaherraina , ja vasta sitten, kun he olivat osoittaneet sopivuutensa sotaan, heistä tuli todellisia sotureita.
Monen tuhannen armeijan jako suoritettiin ensinnäkin joukkojen tyypin ja toiseksi määrän mukaan. Divisioonan ensimmäinen versio oli merkityksellinen vihollisuuksien aikana, kun yksi tai toinen osasto astui taisteluun yksitellen. Toinen - tärkein - oli luonnollinen tapa jakaa ihmismassa pieniin ryhmiin, joita on helppo hallita. Tämä jako, joka oli samanlainen kuin Rooman valtakunnan armeijan jakaminen legiooneihin , kohortteihin ja muihin osiin, antoi inkoille suuren edun sodassa vähemmän järjestäytyneitä kilpailijoitaan vastaan. Lisäksi armeijalla oli tiukin kuri, jonka rikkomisesta tuomittiin kuolemalla paikan päällä. Armeijan moraalia pitivät yllä muusikot, jotka sotilaiden itsensä tavoin lähtivät hyökkäykseen työkalut käsissään ilman oikeutta perääntyä. Usein musiikilla oli ratkaiseva rooli, sillä sen ulvominen kauhistutti vihollista ja usein ihmisten luista ja nahasta tehtyjen soittimien näkeminen murskasi heidän moraalinsa.
Inkojen taktiikka oli varsin harkittua ja hienovaraista. Usein inka-armeija valloitti kokonaisia kaupunkeja ovelalla. Vakiintunut tiedustelu toimi , joka toimitti nopeasti kaikki tiedot Inkalle vihollisleiristä. Korkeimmalla tasolla oli varsinainen sodankäynnin taktiikka.
Ennen hyökkäämistä vihollista vastaan, inkat suunnittelivat hyökkäyksen huolellisesti. Ennen sotaa kaupunkiin lähetettiin suurlähettiläät vangittavaksi ja tarjoutuivat antautumaan ilman taistelua. Jos kaupunki kolmen tällaisen ehdotuksen jälkeen kieltäytyi antautumasta, piiritys alkoi. Suurlähettiläät toimivat diplomaattisen edustustonsa lisäksi myös partiolaisina ja löysivät liittolaisiaan kaupungin muurien sisäpuolelta.
Piiritys alkoi aina siitä, että inkat varoittivat vastustajiaan sodasta, mutta samalla aikaa tuhlaamatta he lähestyivät vihollisen kaupungin muureja estäen partisaanijoukkojen muodostumista kallioihin. Inkat suunnittelivat myös piirityksen ennen sadonkorjuuta, koska se jättäisi piiritetyt ilman ruokaa.
Avointen taistelujen aikana inkat käyttivät taitavasti psykologista hetkeä. Hyökkäys tapahtui massat, eli suurissa laumoissa (kaikella voimalla). Lähestyessään he alkoivat huutaa kiihkeästi ja herättivät pelkoa vihollisessa. Vaikka se ei toiminutkaan, inkat hyökkäsivät silti rykmenttejä vastaan käyttämällä monia petollisia taktiikoita väijytysrykmenttien kanssa, soluttautuen takaosaan ympäristön läpi tai muilla heidän tuntemillaan tavoilla. Yleensä ensimmäisinä tulivat taisteluun jousimiehet , jotka aiheuttivat viholliselle merkittävää vahinkoa turvallisella etäisyydellä itselleen. Lähitaistelussa käytettiin silmuja ja boladoreita . Lopulta suoran taistelun aikana oli raskasta jalkaväkeä keihäillä tai lassolla ja kilpillä . Vuoristoalueiden ansoina inkat käyttivät taitavasti maaston olosuhteita - esimerkiksi järjestivät kivistä maanvyörymiä.