Transposonit

Transposonit ( eng.  transposable element, transposon ) ovat osia niiden organismien DNA:sta, jotka kykenevät liikkumaan (transpositioon) ja lisääntymään genomissa [1] . Transposonit tunnetaan myös "hyppygeeneinä" ja ne ovat esimerkkejä transponoitavista geneettisistä elementeistä .

Transposonit viittaavat muodollisesti genomin niin kutsuttuun ei-koodaavaan osaan, joka DNA-emäsparien sekvenssissä ei sisällä tietoa proteiinien aminohapposekvensseistä, vaikka jotkut liikkuvien elementtien luokat sisältävät tietoa entsyymeistä niiden sekvenssi , ne kopioidaan ja katalysoivat liikkeitä; esimerkiksi DNA-transposonit ja DDP-1 koodaavat proteiineja transposaasi , BORS1 ja BORS2 . Eri lajeissa transposonit ovat jakautuneet vaihtelevasti: esimerkiksi ihmisellä transposonit muodostavat jopa 45 % koko DNA-sekvenssistä, hedelmäkärpäsessä Drosophila melanogasterissa transposoituvien elementtien osuus on vain 15–20 % DNA-sekvenssistä. koko genomi [2] . Kasveissa transposonit voivat miehittää suurimman osan genomista; esimerkiksi maississa ( Zea mays ), jonka genomin koko on 2,3 miljardia emäsparia, vähintään 85 % on erilaisia ​​transposoituvia elementtejä [3] .

Löytöhistoria

Barbara McClintock tutki maissin jyvien ja lehtien värin vaihteluita, ja vuonna 1948 hän tuli sytologisten ja geneettisten tutkimusten avulla siihen tulokseen, että liikkuvat DNA-fragmentit, Ac / Ds -elementit, johtavat kasvien somaattiseen mosaiikkiin [4] . Hän osoitti ensimmäisenä, että eukaryoottigenomi ei ole staattinen, vaan sisältää alueita, jotka voivat liikkua. Vuonna 1983 Barbara McClintock sai Nobel-palkinnon tästä työstä [5] .

Vaikka transposonit löydettiin 1940-luvulla , vasta puoli vuosisataa myöhemmin kävi selväksi, kuinka suuri niiden osuus organismien genomissa oli. Siten ihmisen genomin ensimmäisen nukleotidisekvenssin ( sekvensoinnin ) saaminen osoitti, että DNA-sekvenssissä on vähintään 50 % liikkuvista elementeistä. Tarkkaa arviota on vaikea saada, koska jotkin transposonialueet ovat muuttuneet niin paljon ajan myötä, että niitä ei voida tunnistaa varmuudella [6] .

Koska transposonit voivat aiheuttaa haitallisia mutaatioita ja kromatiinin hajoamista , siirrettävien elementtien löytämisen jälkeen on ajateltu, että niiden vaikutus on rajoittunut genomiseen parasitismiin. Mutta 2000-luvun alussa ilmestyy yhä enemmän tietoa transposonien mahdollisista hyödyllisistä vaikutuksista organismeihin [7] , retrotransposonien evoluution vaikutuksesta istukan nisäkkäiden genomiin [8] . Tunnistaa organismien transposonien käytön. Esimerkiksi DDP-1- retrotransposoni - RNA osallistuu heterokromatiinin muodostumiseen X-kromosomin inaktivaation aikana [9] . Hedelmäkärpästä puuttuu telomeraasi , mutta se käyttää sen sijaan retrotransposonin käänteistranskriptaasia laajentamaan telomeerisiä alueita, jotka Drosophila melanogasterissa ovat transposonitoistoja [10] [11] .

Transposonien tyypit ja niiden liikkumismekanismit

Transponoitavilla geneettisillä elementeillä tarkoitetaan genomin toistuvia elementtejä – niitä, joilla on useita kopioita solun DNA-sekvenssissä . Genomin toistuvat elementit voivat sijaita rinnakkain ( mikrosatelliitit , telomeerit jne.) ja levitä genomiin (liikkuvat elementit, pseudogeenit jne.) [12] .

Liikkuvat geneettiset elementit voidaan jakaa transpositiotyypin mukaan kahteen luokkaan: DNA-transposonit , jotka käyttävät "leikkaa ja liitä" -menetelmää, ja retrotransposonit , joiden liikkeessä on algoritmissa RNA :n synteesi DNA :sta , jota seuraa DNA:n käänteissynteesi RNA-molekyylistä, eli menetelmä "kopioi ja liitä".

Transposonit voidaan jakaa myös autonomian asteen mukaan. Sekä DNA-transposoneissa että retrotransposoneissa on autonomisia ja ei-autonomisia elementtejä. Ei-autonomiset elementit transpositioon vaativat entsyymejä, joita koodaavat autonomiset elementit, jotka usein sisältävät merkittävästi muuttuneita transposonialueita ja lisäsekvenssejä. Ei-autonomisten transposonien määrä genomissa voi merkittävästi ylittää autonomisten [13] .

DNA-transposonit

DNA-transposonit liikkuvat genomissa leikkaa ja liitä -tavalla transposaasi -nimisen entsyymikompleksin ansiosta [1] . Tietoa transposaasiproteiinin aminohapposekvenssistä on koodattu transposonin sekvenssiin. Lisäksi tämä DNA-alue voi sisältää muita transposoniin liittyviä sekvenssejä, kuten geenejä tai niiden osia. Useimmilla DNA-transposoneilla on epätäydellinen sekvenssi. Tällaiset transposonit eivät ole autonomisia ja liikkuvat genomissa transposaasin vuoksi, jota koodaa toinen, täydellinen DNA-transposoni [1] .

DNA-transposonialueiden päissä on käänteisiä toistoja, jotka ovat erityisiä transposaasin tunnistuskohtia, mikä erottaa tämän genomin osan muusta. Transposaasi pystyy leikkaamaan kaksijuosteisia DNA-katkoja, leikkaamaan ja liittämään transposonin kohde-DNA:han [14] .

Ac/Ds -kasvielementit kuuluvat DNA-transposoneihin , jotka Barbara McClintock löysi ensimmäisenä maissista. Ac -elementti ( eng.  Activator ) on itsenäinen ja koodaa transposaasi. On olemassa useita Ds - elementtejä, jotka kykenevät muodostamaan kromosomikatkoja ja jotka liikkuvat genomin läpi Ac - elementtien vuoksi [15] .

Helitronit ovat eräänlainen  transposonityyppi, jota löytyy kasveista , eläimistä ja sienistä , mutta joka on laajalti läsnä maissin genomissa, jossa, toisin kuin muut organismit, se löytyy DNA:n geenirikkaista osista [3] . Helitronit transponoidaan vierintäympyrämekanismin mukaisesti . Prosessi alkaa DNA-transposonin yhden juosteen katkeamisesta. Vapautunut DNA-jakso tunkeutuu kohdesekvenssiin, jossa muodostuu heterodupleksi . DNA-replikaation avulla transposonin vieminen uuteen kohtaan saadaan päätökseen [16] .  

Helitronit voivat siepata vierekkäisiä sekvenssejä transponoinnin aikana.

Retrotransposonit

Retrotransposonit ovat liikkuvia geneettisiä elementtejä, jotka käyttävät "kopioi ja liitä" -menetelmää leviämään eläinten genomissa [17] . Vähintään 45 % ihmisen genomista koostuu retrotransposoneista ja niiden johdannaisista. Liikkumisprosessi sisältää RNA -molekyylin välivaiheen , joka luetaan retrotransposonialueelta ja jota puolestaan ​​käytetään templaattina käänteistranskriptiossa DNA-sekvenssiksi. Äskettäin syntetisoitu retrotransposoni insertoidaan toiselle genomin alueelle.

Nisäkkään aktiiviset retrotransposonit jaetaan kolmeen pääperheeseen: Alu-toistot, DDP-1, SVA.

• DDP-1-retrotransposonit  ovat pitkiä dispergoituneita toistoja, eräänlainen retrotransposonityyppi, joka on laajalle levinnyt nisäkkäissä ja muodostaa jopa 20 % genomista. DDP-1-elementtien pituus on noin 6 tuhatta emäsparia [7] . Useimmat näistä retrotransposoneista ovat epätäydellisesti edustettuina genomissa, vaikka ihmisen DNA-sekvenssissä on noin 150 täydellistä ja mahdollisesti liikkuvaa DDP-1-elementtiä ja hiiren noin 3 000 [7] .
  Liikeprosessi alkaa RNA-molekyylin lukemisella DDP-1-elementistä. RNA kuljetetaan sytoplasmaan , jossa BORS1 (joka on RNA:ta sitova proteiini) ja BORS2 (joka on proteiini, jolla on endonukleaasi- ja käänteistranskriptaasiaktiivisuutta) transloidaan siitä. BORS1, BORS2 ja transposonin RNA muodostavat ribonukleoproteiinin ja ne tuodaan tumaan , jossa tapahtuu retrotransposonin käänteinen transkriptio [18] .
  Useimmat DDP-1-elementtien lisäystapaukset ovat epätäydellisiä, eivätkä tällaiset kopiot enää pysty liikkumaan itsestään [7] .
  On tietoa DDP-1-elementtien ei-kanonisista toiminnoista X-kromosomin inaktivoinnin aikana [9] .
• LTR  - pitkät terminaaliset toistot  - retrotransposonit, joissa on äärelliset toistuvat sekvenssit, joilla on tärkeä rooli transposoni-RNA:n transkriptiossa ja käänteistranskriptiossa [4] . LTR-elementit koodaavat pol- ja gag -proteiineja , jotka ovat lähellä retrovirusproteiineja, mutta toisin kuin jälkimmäisissä, LTR:stä puuttuu proteiineja, jotka voisivat muodostaa ulkokuoren ( superkapsidin ) ja poistua solusta [13] .
• CRP  -lyhyet dispergoidut toistot ovat ei-autonomisia retrotransposoneja: ne edellyttävät DDP-1-elementtien aktiivisuutta liikkuakseen; DNA-sekvenssissä CRP sisältää vain RNA-polymeraasin sitoutumiskohdan [4] . RTP:t sisältävät Alu-retrotransposonit.

• Alu-repeat ( Alu Arthrobacter luteuksesta ) ovat laajalle levinneitä transposoituvia elementtejä ihmisen genomissa [19] . Alu-elementit ovat noin 300 emäsparia pitkiä ja sijaitsevat usein introneissa , genomin transloimattomissa alueilla ja intergeenisillä alueilla [12] . Alu -retrotransposonit liitettiin etuliitteeseen, koska ne sisältävät restriktioentsyymin tunnistussekvenssin AluI[ 12] . Sekvenssianalyysi osoitti, että Alu-elementit syntyivät kädellisissä noin 65 miljoonaa vuotta sitten 7SL-RNA-geenistä, joka on osa ribosomikompleksia [12] . Alu-retrotransposoneilla ei ole omaa käänteistranskriptaasia, joten ne tarvitsevat DDP-1-entsyymejä liikkuakseen.
  Alu-elementit ovat kohtia, joissa jopa 90 % kaikesta A - I - RNA:n muokkauksesta tapahtuu [18] .
• SVA  :t ovat 2-3 tuhannen emäsparin DNA:n transponoitavia elementtejä, jotka koostuvat useista osista: lyhyet hajaelementit (SRC), vaihteleva määrä tandemtoistoja (VTR), Alu-sekvenssi1 [20] ja CT-toisto, sekvenssillä CCCTCT , jota esiintyy useimmin ja jonka nimi on heksameeri (Hex) [21] . SVA-elementit vaihtelevat huomattavasti pituudeltaan johtuen erilaisten ainetoistojen lukumäärästä [21] . Ne eivät ole autonomisia ja vaativat DDP1-retrotransposoneihin koodattuja proteiineja liikkuakseen, mutta ne ovat aktiivisia ihmisen genomissa [4] . SVA-elementit käyvät läpi suuria määriä DNA-metylaatiota useimmissa ihmiskudoksissa. Mielenkiintoinen tosiasia on SVA-retrotransposonien DNA:n alimetylaatio ihmisen urospuolisissa sukusoluissa , kun taas simpansseilla siittiöiden SVA-sekvenssit ovat voimakkaasti metyloituneita [22] .

Transposonin estomekanismit

Genomin liikkuvat elementit ovat melko laajalti edustettuina kasvi- ja eläingenomeissa. Niiden korkea aktiivisuus on riski genomin stabiiliudelle , joten niiden ilmentyminen on tiukasti säädeltyä erityisesti niissä kudoksissa , jotka ovat mukana sukusolujen muodostumisessa ja perinnöllisen tiedon välittämisessä jälkeläisille. Kasveissa ja eläimissä genomin liikkuvien elementtien aktiivisuuden säätely tapahtuu DNA-sekvenssin de novo -metylaatiolla ja ei-koodaavan RNA : n aktiivisuudella yhdessä argonautin proteiinikompleksien kanssa [23] .

Pienten ei-koodaavien RNA:iden, jotka ovat vuorovaikutuksessa pivi-kompleksin tai piRNA :n kanssa , päärooli on suppressoida transposoituvia genomisia elementtejä ituradan kudoksissa. Tämä piRNA:n rooli on melko hyvin konservoitunut eläimissä [24] .

Hiirillä genomin liikkuvat elementit ovat ontogeneesin aikana pääasiassa inaktiivisessa tilassa, mikä saavutetaan epigeneettisten vuorovaikutusten ja ei-koodaavien RNA:iden aktiivisuuden kautta [25] . Alkion kehityksen aikana DNA :n epigeneettinen metylaatiomerkki ohjelmoidaan uudelleen: vanhempien merkit pyyhitään pois ja uusia syntyy [26] . Tänä aikana osa argonautin proteiineista - piwi-proteiineista (Mili ja Miwi2) - ja niiden kanssa vuorovaikutuksessa olevista ei-koodaavista RNA:ista - piRNA - on avainrooli hiiren retrotransposonien de novo -suppressiossa DNA-metylaatiolla ja ping-pongilla. piRNA-monistuksen ja kohteen suppression sykli [27] . Jos hiiriltä puuttuu Mili- ja Miwi2-proteiineja, tämä johtaa DDP-1 :n ja LTP :n aktivoitumiseen sekä gametogeneesin ja steriiliyden pysähtymiseen uroksilla [24] . Viimeaikainen tutkimus on osoittanut, että Drosophila melanogasterissa SFG-1- proteiini on aktiivinen kofaktori suppressiossa .

PiRNA- indusoidun transposonien suppression mekanismia ei ole täysin selvitetty, mutta se voidaan esittää kaavamaisesti seuraavalla mallilla [28] :

• yksijuosteisten RNA-molekyylien primaarinen kertyminen, piRNA- prekursorit ;
• piRNA:iden kypsyminen ja niiden monistuminen pewee-proteiinien avulla (ping-pong-sykli);
• kohdetransposonin suppressio, joka voi tapahtua useilla tavoilla: RNA:n hajoaminen (argonautien proteiinien H-kaltaisen domeenin RNaasi-aktiivisuuden kautta), translaation suppressio ja kromatiinia modifioivien järjestelmien (kuten SWI/SNF-proteiinien ) värvääminen [13] ) ja edelleen epigeneettinen suppressiotransposoni.

Toisin kuin virukset , jotka käyttävät isäntää lisääntymiseen ja pystyvät poistumaan siitä, liikkuvia geneettisiä elementtejä on yksinomaan isännässä. Tästä syystä transposonit pystyvät jossain määrin säätelemään toimintaansa. Esimerkki tästä on Ac - DNA-transposonit  - kasvien autonomiset liikkuvat elementit, jotka koodaavat omaa transposaasiaan. Ac -elementit osoittavat kykyä vähentää transposaasin aktiivisuutta lisäämällä sen kopioita [29] .

Myös kasvien autonomisten DNA-transposonien MuDR tukahduttaminen voi tapahtua Mukin avulla. Muk on MuDR:n variantti, ja sen sekvenssissä on useita palindromisia DNA-alueita. Kun Muk transkriptoidaan, tämä RNA muodostaa hiusneulan, jonka sitten entsyymikompleksi leikkaa pieniksi häiritseviksi RNA: iksi (siRNA:iksi), jotka vaimentavat MuDR-aktiivisuuden RNA-interferenssiprosessin kautta [29] .

Sairaudet

Vuoteen 2012 mennessä on dokumentoitu 96 erilaista ihmissairautta, jotka johtuvat liikkuvien geneettisten elementtien de novo käyttöönotosta [22] . Alu-toistot aiheuttavat usein kromosomipoikkeavuuksia ja ovat syynä 50 tyyppiseen sairauteen [30] . Joten tyypin I neurofibromatoosissa löydettiin 18 upotettua retrotransposonin tapausta , joista 6 esiintyy 3 tietyssä paikassa. Liikkuvien elementtien DDP-1 aktiivisuus somaattisissa kudoksissa kirjattiin potilailla, joilla oli keuhkosyöpä [22] .

Jos sairauksia aiheuttava transpositio tapahtuu sukusoluissa , seuraavat sukupolvet perivät sairaudet. Joten hemofiliaa voi ilmetä johtuen DDP-1-retrotransposonin insertiosta DNA-alueelle, joka koodaa hyytymistekijä VIII -geeniä . Hiirillä havaittiin onkogeneesi-, kehityspysähdys- ja hedelmättömyystapauksia, jotka johtuivat genomin liikkuvien elementtien liittämisestä [30] .

Transposonien evoluutionaalinen rooli

Jotkut organismien evoluution vaiheet johtuivat genomin liikkuvien elementtien aktiivisuudesta. Jo ihmisen genomin ensimmäinen nukleotidisekvenssi osoitti, että monet geenit olivat transposonien johdannaisia ​​[6] . Genomin liikkuvat elementit voivat vaikuttaa genomin organisoitumiseen yhdistämällä geneettisiä sekvenssejä ja olemalla osa sellaisia ​​kromatiinin perusrakenneelementtejä kuin sentromeerit ja telomeerit [31] . Transposoituvat elementit voivat vaikuttaa vierekkäisiin geeneihin muuttamalla silmukoinnin ja polyadenylaation malleja ( kuvioita ) tai toimimalla tehostajina tai promoottoreina [13] . Transposonit voivat vaikuttaa geenien rakenteeseen ja toimintaan sammuttamalla ja muuttamalla toimintoja, muuttamalla geenien rakennetta, mobilisoimalla ja järjestämällä uudelleen geenifragmentteja sekä muuttamalla geenien epigeneettistä kontrollia [16] .

Transposonireplikaatio voi aiheuttaa joitain sairauksia, mutta tästä huolimatta transposonit eivät poistuneet evoluution aikana ja säilyivät lähes kaikkien organismien DNA - sekvensseissä joko kokonaisina kopioina, jotka voisivat liikkua DNA:ta pitkin, tai lyhennetyssä muodossa, kadonneena. kyky liikkua. Mutta katkaistut kopiot voivat myös osallistua sellaisiin prosesseihin kuin geenien transkription jälkeinen säätely, rekombinaatio jne. [31] Toinen tärkeä seikka transposonien mahdollisessa kyvyssä vaikuttaa evoluutionopeuteen on se, että niiden säätely riippuu epigeneettisistä tekijöistä. Tämä johtaa transposonien kykyyn reagoida ympäristön muutoksiin ja aiheuttaa geneettistä epävakautta [31] . Stressin yhteydessä transposonit aktivoituvat joko suoraan tai vähentämällä niiden suppressiota argonautin proteiinien ja piRNA :iden vaikutuksesta [13] . Kasveissa liikkuvat geneettiset elementit ovat erittäin herkkiä erilaisille stressityypeille; niiden toimintaan voivat vaikuttaa lukuisat abioottiset ja bioottiset tekijät , mukaan lukien suolaisuus , vauriot, kylmä, kuumuus, bakteeri- ja virusinfektiot [16] .

Toinen mahdollinen mekanismi organismien genomien kehittymiselle on horisontaalinen geeninsiirto  - prosessi, jossa geenejä siirretään sellaisten organismien välillä, jotka eivät ole "esi-isän ja jälkeläisen" suhteen. On näyttöä siitä, että loisorganismien ja eläinisäntien väliset vuorovaikutukset voivat johtaa horisontaaliseen transposoniavusteiseen geeninsiirtoon, joka on tapahtunut selkärankaisten ja selkärangattomien välillä [32] .

Esimerkkejä liikkuvien geneettisten elementtien evoluutionaarisesta roolista

Nisäkkäiden immuniteetin uskotaan syntyneen leuallisista kaloista noin 500 miljoonaa vuotta sitten [33] . Hankittu immuniteetti mahdollistaa vasta -aineiden muodostumisen monentyyppisille patogeeneille , jotka pääsevät nisäkkäiden elimistöön, mukaan lukien ihmiset. Erilaisten vasta-aineiden muodostamiseksi immuunijärjestelmän solut muuttavat DNA-sekvenssiä somaattisella rekombinaatiolla sellaisen järjestelmän avulla, joka syntyi ja kehittyi genomin liikkuvien elementtien vuoksi [33] .

Neuroneilla , hermoston soluilla, voi olla mosaiikkigenomi , eli niiden DNA-sekvenssi eroaa muiden solujen DNA-sekvenssistä, vaikka ne kaikki muodostuivat yhdestä esiastesolusta - tsygootista . Rotissa erityisesti insertoitujen ihmisen DDP-1- retrotransposonien on osoitettu olevan aktiivisia jopa aikuisiässä. Myös DDP-1-retrotransposonien kopioiden lisääntyminen joidenkin aivojen osien hermosoluissa , erityisesti hypotalamuksessa , havaittiin verrattuna muihin aikuisten kudoksiin [34] . On myös havaittu, että liikkuvat elementit johtavat heterogeenisyyteen Drosophila melanogasterin hermosoluissa [2] . Liikkuvien elementtien aktiivisuus neuroneissa voi johtaa synaptiseen plastisuuteen ja suurempaan vaihteluun käyttäytymisvasteissa [7] .

Telomeraasin ja DDP-1-retrotransposonien geenien DNA-sekvensseillä on korkea homologia, mikä viittaa mahdollisuuteen, että telomeraasi on peräisin retrotransposoneista [1] .

Kasveilla on erittäin nopea genomin evoluutionopeus, joten kesyttämisen seurauksena syntyneiden siirrettävien elementtien vaikutukset , koska se tapahtui äskettäin, tunnetaan parhaiten, ja nämä muutokset on helppo tunnistaa, koska viljelykasvien ominaisuudet ovat valitut ovat tiedossa [16] . Esimerkki olisi roomalaisen tomaatin Solanum lycopersicum hankkima soikea muoto . Geeni, joka sijaitsee SUN- lokuksessa , siirrettiin retrotranspositiolla toiselle DNA-alueelle, jossa sitä säätelevät erilaiset promoottorisekvenssit soikeissa tomaateissa [16] .

Transposonien käyttö

Geenitekniikka

Koska genomin siirrettävät elementit pystyvät integroitumaan kromatiiniin , niitä käytetään geenitekniikassa tutkijoiden tutkimien geenien tai DNA-osien spesifiseen ja kontrolloituun liittämiseen. Transposoneja käytetään mutageneesiin ja genomin säätelyelementtien määrittämiseen laboratorioissa.

Tunnetuin järjestelmä in vivo -mutageneesiin  on kärpäsen D. melanogasterin P-liikkuva elementti , jota voidaan käyttää tutkimaan geenien toimintoja, kromosomipoikkeavuuksien muodostumista jne. [35]

Selkärankaisilla ei pitkään aikaan ollut tehokasta menetelmää genomin transposonimuuntamiseksi. Nykyään on olemassa japanilaisesta Oryzias latipes -kalasta peräisin oleva Tol2-transponoitava elementtijärjestelmä, jota käytetään sekä hiirissä että ihmisen solulinjoissa [35] . Myös Minos-transposonijärjestelmä [36] on onnistunut .

Sleeping Beauty - transposonijärjestelmä luotiin kalan transposaasin DNA - sekvenssin perusteella .  Tämän järjestelmän menestyksekäs käyttö hiirillä on mahdollistanut ehdokkaiden tunnistamisen ihmisen paksusuolensyövän onkogeenien suhteen [37] .

Fylogenetiikka

Transposonien käytön lisäksi geenitekniikassa transposoniaktiivisuuden tutkiminen on fylogeneettinen menetelmä . Analysoimalla ja vertaamalla eri lajien genomien nukleotidisekvenssejä voidaan löytää transposoneja, joita on joissakin lajeissa, mutta joita ei ole toisissa. Lajit, joilla on sama retrotransposoni, ovat todennäköisesti saaneet sen yhteisestä esi-isästä. Siten on mahdollista saada tietoa lajien evoluutiosta ja rakentaa fylogeneettisiä puita [38] .

Muistiinpanot

1. ↑ 1 2 3 4 Sivolob A. V. Molekyylibiologia . - Kiova: Painokeskus "Kiovan yliopisto", 2008. - 384 s.
2. ↑ 1 2 Perrat PN, DasGupta S., Wang J. et ai. Transpositioon perustuva genominen heterogeenisyys Drosophilan aivoissa  (englanniksi)  // Science : Journal. - 2013. - Vol. 340 , no. 6128 . - s. 91-95 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/tiede.1231965 .
3. ↑ 1 2 Patrick S. Schnable, Doreen Ware, Robert S. Fulton, et ai. Maissin B73 genomi: monimutkaisuus, monimuotoisuus ja dynamiikka  (englanniksi)  // Science : Journal. - 2009. - Vol. 326 , no. 5956 . - s. 1112-1115 . - doi : 10.1126/tiede.1178534 . — PMID 19965430 .
4. ↑ 1 2 3 4 Levin Henry L., Moran John V. Transponoitavien elementtien ja niiden isäntien väliset dynaamiset vuorovaikutukset  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2011. - Vol. 12 , ei. 9 . - s. 615-627 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg3030 .
5. ↑ Nobel-palkinto Barbara McClintockille   // Luonto . - 1983. - Voi. 305 , nro. 5935 . - s. 575-575 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/305575a0 .
6. ↑ 1 2 Lander Eric S., Linton Lauren M., Birren Bruce. Ihmisen genomin ensimmäinen sekvensointi ja analyysi  //  Nature : Journal. - 2001. - Voi. 409 , no. 6822 . - s. 860-921 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/35057062 .
7. ↑ 1 2 3 4 5 Laulaja Tatjana, McConnell Michael J., Marchetto Maria CN et al. LINE-1 retrotransposonit: somaattisen vaihtelun välittäjät hermosolujen genomissa? (englanti)  // Neurotieteiden suuntaukset : päiväkirja. - Cell Press , 2010. - Voi. 33 , ei. 8 . - s. 345-354 . — ISSN 01662236 . - doi : 10.1016/j.tins.2010.04.001 .
8. ↑ Kaneko-Ishino Tomoko, Ishino Fumitoshi. Retrotransposonin hiljentäminen DNA-metylaatiolla auttoi istukan ja genomisen jäljennösten kehittymistä nisäkkäissä  //  Development, Growth & Differentiation : Journal. - 2010. - Vol. 52 , no. 6 . - s. 533-543 . — ISSN 00121592 . - doi : 10.1111/j.1440-169X.2010.01194.x .
9. ↑ 1 2 Melamed Esther, Arnold Arthur P. Linjojen ja CpG-saarten rooli annoskompensoinnissa kanan Z-kromosomissa  //  Chromosome Research : Journal. - 2009. - Vol. 17 , ei. 6 . - s. 727-736 . — ISSN 0967-3849 . - doi : 10.1007/s10577-009-9068-4 .
10. ↑ Abad JP TAHRE, uusi telomeerinen retrotransposoni Drosophila melanogasterista, paljastaa Drosophila telomeerien alkuperän   // Molekyylibiologia ja evoluutio : päiväkirja. - Oxford University Press , 2004. - Voi. 21 , ei. 9 . - s. 1620-1624 . — ISSN 0737-4038 . - doi : 10.1093/molbev/msh180 .
11. ↑ Nick Fulcher, Elisa Derboven, Sona Valuchova & Karel Riha. Jos korkki sopii, käytä sitä: yleiskatsaus telomeerirakenteisiin evoluution aikana  //  Cellular and molecular life sciences : CMLS : Journal. - 2013. - doi : 10.1007/s00018-013-1469-z . — PMID 24042202 .
12. ↑ 1 2 3 4 Batzer Mark A., Deininger Prescott L. Alu-toistot ja ihmisen genominen monimuotoisuus  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2002. - Voi. 3 , ei. 5 . - s. 370-379 . — ISSN 14710056 . doi : 10.1038 / nrg798 .
13. ↑ 1 2 3 4 5 R. Keith Slotkin, Robert Martienssen. Transponoitavat elementit ja genomin epigeneettinen säätely  // Luontokatsaukset  . Genetiikka  : päiväkirja. - 2007. - huhtikuu ( osa 8 , nro 4 ). - s. 272-285 . doi : 10.1038 / nrg2072 . — PMID 17363976 .
14. ↑ van Opijnen Tim, Camilli Andrew. Transposonin lisäyssekvensointi: uusi työkalu mikro-organismien järjestelmätason analyysiin  (englanniksi)  // Nature Reviews Microbiology  : Journal. - 2013. - Vol. 11 , ei. 7 . - s. 435-442 . — ISSN 1740-1526 . - doi : 10.1038/nrmicro3033 .
15. ↑ Chunguang Du, Andrew Hoffman, Limei He, Jason Caronna & Hugo K. Dooner. Maissin täydellinen Ac/Ds-transposoniperhe  (neopr.)  // BMC-genomiikka. - 2011. - T. 12 . - S. 588 . - doi : 10.1186/1471-2164-12-588 . — PMID 22132901 .
16. ↑ 1 2 3 4 5 Damon Lisch. Kuinka tärkeitä transposonit ovat kasvien evoluution kannalta? (englanniksi)  // Luontoarvostelut. Genetiikka  : päiväkirja. - 2013. - Vol. 14 , ei. 1 . - s. 49-61 . doi : 10.1038 / nrg3374 . — PMID 23247435 .
17. ↑ Baillie J. Kenneth, Barnett Mark W., Upton Kyle R. Somaattinen retrotranspositio muuttaa ihmisen aivojen geneettistä maisemaa  //  Nature : Journal. - 2011. - Vol. 479 , no. 7374 . - s. 534-537 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto10531 .
18. ↑ 1 2 Cordaux Richard, Batzer Mark A. Retrotransposonien vaikutus ihmisen genomin evoluutioon  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2009. - Vol. 10 , ei. 10 . - s. 691-703 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg2640 .
19. ↑ Hannah Stower. Vaihtoehtoinen silmukointi: Alu-elementin 'eksonisaation' säätely  //  Nature Reviews Genetics  : Journal. - 2013. - Vol. 14 , ei. 3 . - s. 152-153 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg3428 .
20. ↑ Varki Ajit, Geschwind Daniel H., Eichler Evan E. Ihmisen ainutlaatuisuus: genomin vuorovaikutus ympäristön, käyttäytymisen ja kulttuurin kanssa  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2008. - Voi. 9 , ei. 10 . - s. 749-763 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg2428 .
21. ↑ 1 2 Hancks DC, Mandal PK, Cheung LE et al. Minimaalinen aktiivinen ihmisen SVA-retrotransposoni vaatii vain 5'-heksameerin ja alumiinin kaltaiset domeenit   // Molekyyli- ja solubiologia : päiväkirja. - 2012. - Vol. 32 , ei. 22 . - P. 4718-4726 . — ISSN 0270-7306 . - doi : 10.1128/MCB.00860-12 .
22. ↑ 1 2 3 Hancks Dustin C., Kazazian Haig H. Aktiiviset ihmisen retrotransposonit: vaihtelu ja sairaus  //  Current Opinion in Genetics & Development : Journal. - 2012. - Vol. 22 , ei. 3 . - s. 191-203 . — ISSN 0959437X . - doi : 10.1016/j.gde.2012.02.006 .
23. ↑ Laki Julie A., Jacobsen Steven E. DNA-metylaatiomallien luominen, ylläpitäminen ja muokkaaminen kasveissa ja eläimissä  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2010. - Vol. 11 , ei. 3 . - s. 204-220 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg2719 .
24. ↑ 1 2 Siomi Mikiko C., Sato Kaoru, Pezic Dubravka et al. PIWI:n kanssa vuorovaikutuksessa olevat pienet RNA:t: genomin puolustuksen etujoukko  // Nature Reviews Molecular Cell Biology  : Journal  . - 2011. - Vol. 12 , ei. 4 . - s. 246-258 . — ISSN 1471-0072 . - doi : 10.1038/nrm3089 .
25. ↑ De Fazio Serena, Bartonicek Nenad, Di Giacomo Monica. Milin endonukleaasiaktiivisuus ruokkii piRNA-amplifikaatiota, joka vaimentaa LINE1-elementit  (englanniksi)  // Nature : Journal. - 2011. - Vol. 480 , no. 7376 . - s. 259-263 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto10547 .
26. ↑ Popp Christian, Dean Wendy, Feng Suhua. AID-puutos vaikuttaa genominlaajuiseen DNA-metylaation poistamiseen hiiren alkuperäisissä sukusoluissa  //  Nature : Journal. - 2010. - Vol. 463 , no. 7284 . - s. 1101-1105 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto08829 .
27. ↑ Castel Stephane E., Martienssen Robert A. RNA-häiriöt ytimessä: pienten RNA:iden roolit transkriptiossa, epigenetiikassa ja sen ulkopuolella  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2013. - Vol. 14 , ei. 2 . - s. 100-112 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg3355 .
28. ↑ Luteijn Maartje J., Ketting René F.  PIWI -vuorovaikuttavat RNA:t: sukupolvelta transsukupolveen epigenetiikkaan  // Nature Reviews Genetics  : Journal. - 2013. - Vol. 14 , ei. 8 . - s. 523-534 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg3495 .
29. ↑ 1 2 Damon Lisch. Maissin transponoitavien elementtien  sääntely (neopr.)  // Kasvibiologian nykyinen lausunto. - 2012. - T. 15 , nro 5 . - S. 511-516 . - doi : 10.1016/j.pbi.2012.07.001 . — PMID 22824142 .
30. ↑ 1 2 Zamudio N., Bourc'his D. Siirrettävät elementit nisäkkään ituradassa: mukava markkinarako vai tappava ansa? (englanniksi)  // Perinnöllisyys: päiväkirja. - 2010. - Vol. 105 , no. 1 . - s. 92-104 . — ISSN 0018-067X . - doi : 10.1038/hdy.2010.53 .
31. ↑ 1 2 3 Rebollo Rita, Horard Beatrice, Hubert Benjamin et al.  Hyppygeenit ja epigenetiikka : Kohti uusia lajeja  // Geeni. — Elsevier , 2010. — Voi. 454 , no. 1-2 . - s. 1-7 . — ISSN 03781119 . - doi : 10.1016/j.gene.2010.01.003 .
32. ↑ Gilbert Clément, Schaack Sarah, Pace II John K. et ai. Isäntä-loisen vuorovaikutusten rooli transposonien horisontaalisessa siirrossa phylan läpi  (englanniksi)  // Nature : Journal. - 2010. - Vol. 464 , no. 7293 . - s. 1347-1350 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto08939 .
33. ↑ 1 2 Flajnik Martin F., Kasahara Masanori. Mukautuvan immuunijärjestelmän alkuperä ja kehitys: geneettiset tapahtumat ja selektiiviset paineet  (englanniksi)  // Nature Reviews Genetics  : Journal. - 2009. - Vol. 11 , ei. 1 . - s. 47-59 . — ISSN 1471-0056 . - doi : 10.1038/nrg2703 .
34. ↑ Coufal Nicole G., Garcia-Perez José L., Peng Grace E. L1 retrotranspositio ihmisen hermoston progenitorisoluissa  (italia)  // Nature : diario. - 2009. - V. 460 , n. 7259 . - s. 1127-1131 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/luonto08248 .
35. ↑ 1 2 Carlson Corey M., Largaespada David A. Insertiomutageneesi hiirissä: uusia näkökulmia ja työkaluja  // Nature Reviews Genetics  : Journal  . - 2005. - Voi. 6 , ei. 7 . - s. 568-580 . — ISSN 1471-0056 . doi : 10.1038 / nrg1638 .
36. ↑ Venken Koen J T., Schulze Karen L., Haelterman Nele A. MiMIC: erittäin monipuolinen transposonin lisäysresurssi Drosophila melanogaster -geenien suunnitteluun  // Nature Methods  : Journal  . - 2011. - Vol. 8 , ei. 9 . - s. 737-743 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.1662 .
37. ↑ Maaliskuu H Nikki, Rust Alistair G., Wright Nicholas A. Insertiomutageneesi tunnistaa useita yhteistyössä toimivien geenien verkostoja, jotka ohjaavat suoliston kasvainten muodostumista  // Nature Genetics  : Journal  . - 2011. - Vol. 43 , no. 12 . - s. 1202-1209 . — ISSN 1061-4036 . - doi : 10.1038/ng.990 .
38. ↑ Fylogeneettisten puiden päättäminen transposonitiedoista , < http://content.csbs.utah.edu/~rogers/ant1050/trantree.html > 

Sanasto

• Ac/Ds  - aktivointi-dissosiaatiojärjestelmä ( eng.  Activator-dissosiaatiojärjestelmä )
• BORS1  - ensimmäisen avoimen lukukehyksen proteiini ( eng.  Open lukukehyksen 1 proteiini, ORF1p ); BORS2  - toisen avoimen lukukehyksen proteiini
• DDP  - pitkät hajaantuneet toistot ( eng.  Long INterspersed Elements, LINE, L )
• LTR  - pitkä terminaalitoisto ( eng.  Long Terminal Repeat, LTR )
• KDP  - lyhyet hajautetut toistot ( eng.  Short INterspersed Elements, SINE )
• SVA ( eng.  SINE-R-VNTR-Alu ) - KDP-VChTP-Alu-elementit (jossa VChTP - tandemtoistot  vaihtelevat lukumääräisesti , eng.  Variable number of tandem repeat, VNTR ).
• SFG-1  - gametosyyttispesifinen tekijä 1 ( eng.  gametosyyttispesifinen tekijä 1, GTSF1 )

Kirjallisuus

• Golubovsky M. D. Geenien ja liikkuvien elementtien epävakaus: tutkimuksen ja löydön historiasta // Historiallinen ja biologinen tutkimus. 2011. Nro 4. S.60-78.
• Titov I.I., Vorozheikin P.S. miRNA:ta sisältävät ihmisen transposonit  // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. - T. 15 , nro 323-326 .
• Avdeev Yu. I., Avdeev A. Yu. Sukusolutransposonien havaitseminen solanum lycopersicum L. spontaaneissa mutanteissa ja kasvinjalostuksessa // no. 2013. Nro 2. P.103-109.
• Danilevskaya O.N. Drosophilan liikkuvat geneettiset elementit: löydön historia ja löytäjien kohtalo // Istoriko-biologicheskie issledovaniya. 2011. Nro 4. S.79-89.
• Yurchenko N. N., Kovalenko L. V., Zakharov I. K. Liikkuvat geneettiset elementit: geenien ja genomien epävakaus  // Vavilov Journal of Genetics and Breeding. - T. 15 , nro 2 . - S. 261-270 .

Katso myös

• Transposoni Tn10

Sanakirjat ja tietosanakirjat	Suuri tanskalainen Hienoa norjalaista Britannica (verkossa)
Bibliografisissa luetteloissa	BNF : 12262439n J9U : 987007538808305171 LCCN : sh85135694