Repeat-assosioitunut pieni häiritsevä RNA , rasiRNA ( englanniksi repeat assosioitunut pieni häiritsevä RNA, rasiRNA ) on ryhmä pieniä ei-koodaavia RNA:ita , jotka toimivat RNA -häiriömekanismilla . Usein monet rasiRNA:t luokitellaan piRNA :iksi , pienten ei-koodaavien RNA:iden luokkaan, jotka ovat vuorovaikutuksessa Argonaute - perheen Piwi- , Aub- ja Ago3-proteiinien kanssa [1] . Sukulinjasoluissa rasiRNA :t osallistuvat heterokromatiinin muodostumiseen ja ylläpitoon, toistuvista sekvensseistä luettujen transkriptien säätelyyn . , ja transposonien ja retrotransposonien hiljentäminen [2] [3] .
RasiRNA:t löydettiin vuonna 2001 hedelmäkärpäsestä Drosophila melanogaster [4] .
RasiRNA:ita on löydetty hedelmäkärpäsestä Drosophilasta ja joistakin yksisoluisista eukaryooteista , mutta niitä ei ole vahvistettu nisäkkäillä , toisin kuin piRNA:ita, joita löytyy monista selkärangattomista ja selkärankaisista , mukaan lukien nisäkkäät [5] . Koska rasiRNA:ta sitovia proteiineja löytyy kuitenkin selkärangattomista ja selkärankaisista, heillä voi olla myös rasiRNA:ita, joita ei ole vielä löydetty. RasiRNA:ita on hiivassa Schizosaccharomyces pombe sekä joissakin kasveissa , eikä yhdenkään näistä lajeista ole havaittu sisältävän Piwi-proteiineja (Piwiä löytyy vain eläimistä [6] ) [7] . On osoitettu, että sekä piRNA että rasiRNA periytyvät äidin kautta , mutta todennäköisimmin Piwi-proteiinit periytyvät äidin kautta, minkä vuoksi havaittiin sekä piRNA:n että rasiRNA:n äidin periytymistä [8] .
RasiRNA:t eroavat muista RNA:iden luokista, jotka suorittavat RNA-häiriötä: miRNA :t , pienet häiritsevät RNA :t (siRNA:t) ja piRNA:t. Toisin kuin mikroRNA:t ja siRNA:t, jotka ovat vuorovaikutuksessa Argonaute-perheen AGO-ryhmän kanssa, rasiRNA:t ovat vuorovaikutuksessa saman perheen Piwi-proteiiniryhmän kanssa [9] [10] . RasiRNA:t eroavat myös koostaan. Toisin kuin 21–23 nukleotidin (n) pituiset mikroRNA:t, siRNA:t ovat 20–25 nt pitkiä. ja piRNA 24-31 bp pitkä. rasiRNA on 24-29 bp pitkä. organismista riippuen [11] . Vaikka siRNA:t muodostuvat sekä sense- että antisense -transkripteistä, rasiRNA:t muodostuvat yksinomaan antisense-transkripteistä [12] . Lisäksi, vaikka mikroRNA: n prosessointi vaatii Dicer -1:n ja siRNA Dicer -2:n, rasiRNA ei vaadi kumpaakaan näistä proteiineista. Kasveilla on kuitenkin Dicerin kaltaisia (Dcl) proteiineja, joissa Dcl1 prosessoi miRNA:ta ja siRNA:ta 24 nt pitkä ja Dcl2 prosessoi rasiRNA:ta 24 nt pitkä [7] [13] . Nämä tiedot osoittavat, että rasiRNA:n tuotanto ei eroa vain miRNA:n ja siRNA:n tuotannosta, vaan myös että rasiRNA toimii kasveissa ilman Piwi-proteiineja [7] .
Oletetaan, että kaksijuosteiset RNA:t ovat rasiRNA:iden lähde , jotka muodostuvat liikkuvien geneettisten elementtien sense- ja antisense-transkriptien pariutumisessa . RasiRNA :n biogeneesi on Diceristä riippumaton, mutta se vaatii Argonaute-perheen proteiineja: Ago3, Piwi ja Piwi-kaltainen proteiini Munakoiso (Aub). RasiRNA-reitti on ping-pong-sykli. Ensinnäkin jo olemassa oleva rasiRNA- molekyyli kompleksissa Piwi/Aub-proteiinien kanssa sitoutuu transponoitavan elementin tai toistuvien sekvenssien primaariseen transkriptiin (tämä RNA-ryhmän nimi [2] ) ja aiheuttaa transkriptifragmentin typistymisen. Yksi jäljellä olevista fragmenteista sitoutuu Ago3-proteiiniin ja sitoutuu yhdessä sen kanssa primääriseen antisense-transkriptiin katalysoimalla fragmentin leikkaamista siitä. Tämä fragmentti sitoutuu sitten Piwi/Aubiin ja voi edelleen heikentää haitallisia transkriptejä ja samanaikaisesti tuottaa uusia rasiRNA:ita (ping-pong-sykli). Vasemmalla oleva kaavio esittää tämän prosessin kaavion, joka osoittaa rasiRNA:n 5'-pään prosessoinnin, mutta 3'-pään prosessointireitti on edelleen tuntematon [7] .
Kun mikroRNA suorittaa repressiota mRNA:n translaation ja tuhoutumisen tasolla , siRNA tuhoaa mRNA:n, rasiRNA osallistuu kromatiinin rakenteen säätelyyn ja translaation vaimentamiseen [7] . Drosophilassa rasiRNA :ta sitovien Piwi-proteiinien mutaatiot johtavat steriiliyteen ja sukusolujen menettämiseen sekä miehillä että naisilla [11] . Transposonien repressio ei riipu Dicerin menetyksestä ituradan solujen toimesta, joten ne ovat rasiRNA-toiminnan kohteena (mikroRNA:n ja siRNA:n prosessointi on Dicer-riippuvaista) [7] . Kuten miRNA:t ja siRNA:t, rasiRNA-reitti on evoluutionaalisesti konservoitunut. RasiRNA-reitin puuttuessa ituradan soluissa voi tapahtua uudelleentranspositiota, mikä johtaa DNA -vaurioon ja laukaisee apoptoosin [14] .
RNA:n tyypit | |
---|---|
Proteiinin biosynteesi | |
RNA:n käsittely |
|
Geeniekspression säätely |
|
cis-säätelyelementtejä | |
Parasiittiset elementit | |
muu |
|
Nukleiinihappotyypit _ | ||||
---|---|---|---|---|
Typpipitoiset emäkset | ||||
Nukleosidit | ||||
Nukleotidit | ||||
RNA | ||||
DNA | ||||
Analogit | ||||
Vektorityypit _ |
| |||
|