Syndekan 1

Syndekan 1
Käytettävissä olevat rakenteet
ATE Ortologinen haku: PDBe , RCSB
Tunnisteet
SymboliSDC1  ; CD138; SDC; SYND1; Syndecan
Ulkoiset tunnuksetOMIM:  186355 MGI :  1349162 Homologeeni :  2252 GeneCards : SDC1-geeni
RNA-ekspressioprofiili
Lisää tietoa
ortologit
NäytäIhmisenHiiri
Entrez638220969
YhtyeENSG00000115884ENSMUSG00000020592
UniProtP18827P18828
RefSeq (mRNA)NM_001006946NM_011519
RefSeq (proteiini)NP_001006947NP_035649
Locus (UCSC)Chr 2:
20,4 – 20,43 Mb
Chr 12:
8,77 – 8,79 Mb
Hae PubMedistä[yksi][2]

Syndecan 1 ( englanniksi  syndecan 1; CD138 ) on kalvoproteiini , syndekaaniperheen proteoglykaani tai transmembraaniset heparaanisulfaattiproteoglykaanit. Yhteensä 4 tämän perheen proteiinia on kuvattu. Ihmisen geenituote SDC1 .

Toiminnot

Proteiini on transmembraaninen heparaanisulfaattiproteoglykaani, joka kuuluu syndekaanien perheeseen. Syndekaanit välittävät solujen sitoutumista, solusignalointia ja sytoskeleton organisointia . Ne ovat HIV - viruksen Tat -proteiinin reseptoreita . Syndecan 1 osallistuu solujen lisääntymiseen, solujen migraatioon ja soluvuorovaikutukseen solunulkoisten matriisiproteiinien kanssa. [yksi]

Rakenne

Syndecan 1 kuljettaa heparaanisulfaatti- ja kondroitiinisulfaattiketjuja , jotka tarjoavat kommunikaatiota sytoskeleton ja solunulkoisen matriisin välillä. Sitoutuu CDCP1 :een .

Ektodomeenin pilkkominen johtaa proteiinin liukoisen muodon muodostumiseen. Halkeaminen voi tapahtua heparanaasin, trombiinin ja epidermaalisen kasvutekijän vaikutuksesta sekä stressin aikana ja haavan paranemisen aikana.

Proteiini koostuu 288 aminohaposta, proteiiniosan molekyylipaino on 32,5 kDa. Sisältää N-terminaalisen ekstrasellulaarisen domeenin (232 aminohappoa), yhden kierteisen transmembraanifragmentin ja pienen sytosolisen alueen. Solunulkoisessa domeenissa on 6 glykosylaatiokohtaa : 3 O -kondroitiinisulfaattiketjun kiinnityskohtaa, 2 O -heparaanisulfaattiketjun kiinnityskohtaa ja 1 N -glykosylaatiokohta . Sytosolinen fragmentti sisältää fosforyloitua tyrosiinia .

Sovellus

Syndecan 1:tä käytetään plasmasolujen markkerina [2] , jos solujen tiedetään olevan peräisin verisoluista. [3]

Katso myös

Muistiinpanot

  1. Entrez Gene: SDC1 syndecan 1 .
  2. ↑ Rawstron AC Plasmasolujen  immunofenotyypitys (neopr.)  // Curr Protoc Cytom. - 2006. - toukokuu ( osa 6 ). — C. Yksikkö 6.23 . - ISBN 0-471-14295-6 . - doi : 10.1002/0471142956.cy0623s36 . — PMID 18770841 .
  3. O'Connell FP, Pinkus JL, Pinkus GS CD138 (syndecan-1), plasmasolumarkkerin immunohistokemiallinen profiili hematopoieettisissa ja ei-hematopoieettisissa kasvaimissa   // Am . J. Clin. Pathol.  : päiväkirja. - 2004. - Helmikuu ( osa 121 , nro 2 ) . - s. 254-263 . - doi : 10.1309/617D-WB5G-NFWX-HW4L . — PMID 14983940 . Arkistoitu alkuperäisestä 9. kesäkuuta 2011.  (linkki ei saatavilla)

Kirjallisuus

Linkit